こんにちはkubo改めkubo-mです。地図アプリがないと目的地にたどり着けない方向音痴です。 家族にある場所への道順を「北に向かって進んでから〇〇で東に折れて……」と説明されて、「歩いている最中に方角なんてわからないから、右に曲がるか、左に曲がるかで…

こんにちは、hr-kです。今回はコマンドラインからCentOS系のマシンでスペックを確認する方法について書きたいと思います。 様々なサーバにログインして計算をする際や、サーバの中で計算を並列化したい時、サーバのスペックを調べる必要があります。 この時…

ピカピカ新入社員のFukuです✨ アメリエフでは、4月以前から少人数向けの会社説明会が開催されています。 私も、昨年就職活動をした者として会社説明会・懇談会に参加いたしまして、学生さんとお話ししております。 学生さん「Fukuさんは、どうしてアメリエフ…

ゲノムの解析においては、snpEffによるannotateなど時間のかかる計算というのがしばしばでてきます。その最中、プログラムが本当に走ってくれているかリアルタイムに監視したい、ということがままあります。topコマンドをはじめプロセス監視用コマンドは数種…

こんにちは、hr-kです。 今回は計算プログラムの高速化、特にプログラムの並列化可能性に着目した話をしたいと思います。 計算を高速化する方法は大まかに3通りあります。 各CPUを上手に使う(CPU内部でのスレッド構造や型などをうまく利用) 単純にCPUの性能…

入社し日常的にlinuxを使い始めて1カ月半が経ちました、miyatakeyです。 目下の目標は「カーソルキーからの卒業」です。コマンドラインやvimで、カーソル移動にはついカーソルキーを触ってしまいます。ですが一行が長いことはざらですから、効率アップにショ…

SNP解析、GWASの結果の図示に広く使われるマンハッタンプロット。 これをカラフルにする方法、色の例をご紹介します。 マンハッタンプロットの作図には、統計解析ソフトRの、CRANパッケージ qqmanを利用すると簡便です。 install.packages("qqman") #パッケ…

こんにちは。hr-kです。今回は私の博士課程時代の専門である宇宙物理とアメリエフで取り扱っているバイオインフォマティクスの分野についてプログラミングの観点から少しお話ししたいと思います。 「宇宙物理とバイオインフォマティクスだと全く違いそう」と…