2012-01-01から1年間の記事一覧
ライフサイエンスを学ぶ学生の方を対象に、バイオインフォマティシャン養成プログラムを開催いたします。 必修科目では、バイオインフォマティクスの基本となるLinux操作や、プログラミング言語perlを用いた簡単なプログラミングを学びます。 さらに選択科目…
1冊目は、独自の進化により鼻で歩行するようになった 「鼻行類」という哺乳類について、まじめな雰囲気で書かれた本です。 鼻行類―新しく発見された哺乳類の構造と生活 (平凡社ライブラリー) Harard Stumpke,日高 敏隆,羽田 節子 大学生の時、学部の先輩に「…
その数学が戦略を決める 山形 浩生 世の中には専門家と呼ばれる人たちがいます。ワインの価値を決める専門家、政府の政策決定の専門家、映画の脚本家、病院で患者を診察する先生、裁判所で判決を言い渡す裁判官…。我々が、何か情報を得たい時は彼ら専門家の…
★★Merry-Christmas！★★ この時期、私が毎年楽しみにしているのが、 クレイグ・ベンター研究所による カビで描かれたクリスマスアートです。 Twas the night before Christmas 2012年も残り1週間になりました。 みなさま風邪に気を付けて、よい年越しを！
akbです。 明日は、バイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の最終回です。 第五回では第四回の解析結果を考察し、Fastx-toolkitを用いてトリミングを行っていただきました。 講義の後半では「解析の自動化」を行うためのシェルスクリプトの実行方…
マッピング結果（BAMやBEDなど）を表示するビューアはいろいろありますが、最近はBroad InstituteのIGV（Integrative Genomics Viewer）が主流のようです。 おなじみsamtoolsにもtviewというCUIベースのビューアがあるのをご存知でしょうか。 今日はこのsamt…
平素はアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。年末年始の休業および営業日についてお知らせいたします。 【休業期間】 2012年12月29日から2013年1月6日まで 【営業開始】 2013年は1月7日(月)より通常営業 年末年始のお…
tokunagaです。 前回はgenoCNというパッケージについてご紹介させていただきましたが、 本日もSNPジェノタイピングアレイを用いたCNV検出ツールにつきまして簡単にご紹介をしたいと思います。 RのBioconductorのパッケージのDNAcopyです。 genoCNはHidden Ma…
本日12/15（土）のバイオインフォマティクス勉強会を 以下のURLからUstream配信します。 http://www.ustream.tv/channel/amelieff 使用スライドをSlideShareにUpしましたので、 小さい字が見づらい場合はこちらもご覧ください。 14:45-15:15 「はじめてのLin…
明日開催の第19回バイオインフォマティクス勉強会「SNPデータ解析入門」はお申込みが定員に達しましたのでキャンセル待ちとさせていただいております。 たくさんのお申込み、ありがとうございました！
bedtoolsはBEDフォーマットのファイルを扱うのに便利なツール群です。 今回はその中の1つ、intersectBedについてご紹介します。 intersectBedを使うと、複数BED間で重複している領域を簡単に抽出することができます。 テストデータとして、2つのBEDファイル…
既にアナウンスさせていただいておりますが、 今週末12/15（土）に 第19回 バイオインフォマティクス勉強会「SNPデータ解析入門」 を開催します。 たくさんの方にお申し込みをいただきありがとうございました。 あと2〜3名はお席をご用意できますので、 ご検…
tokunagaです。 本日から福岡で開催されている日本分子生物学会にブースを出展しております。ちなみに、ブースはこのような感じです。 学会に参加されている方は、是非弊社のブースまでお気軽に足をお運びくださいませ。 そして、解析のことでお困りの方、解…
皆様、こんにちは。detです。今回は、前回に引き続きまして、日本人全ゲノムシーケンスデータの解析についてご紹介いたします。 解析には、弊社製の Reseq パイプラインを用いました。前回は、データのクリーニング結果について、ご紹介しました。今回は、マ…
akbです。 今週土曜日はバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の第五回です。スクール10月期も残すところ2回となりました。 前回はFastQC、BWA、SAMtoolsなどのツールを用いた次世代シーケンスデータの解析を行いました。 結果をFastqcのレポート…
hatです。 先週土曜日、2012年度統計数理研究所共同研究集会「データ解析環境Rの整備と利用」の「国内ユーザーによる報告」に参加してきました。 普段はバイオの話ばかりなので、疫学やTwitter解析や感染症シミュレーションなど、他分野のお話がたくさん伺え…
久しぶりの登場になります、山口です。 12/3の分子生物学会＠福岡出展のブログにもありますが、2014年3月卒者向け会社説明会を分生会場内で行います。 新卒に限らず、第二新卒や中途採用も行っていますので、 ご興味のある方はぜひ足をお運びください。 仲間…
tokunagayです。 本日はSNPジェノタイピングアレイを用いたCNV検出ツールのご紹介をしたいと思います。 RのBioconductorのパッケージのgenoCNです。 genoCNに関する論文では、以前ブログでご紹介したことのあるPennCNVとの比較も行われています。 個々のcopy…
アメリエフ株式会社は、2012年12月11日（火）〜14日（金）に福岡で開催される、「第35回 日本分子生物学会」に出展いたします。 皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・第35回 日本分子生物学会 ホームページ：http://www2.convention.co.jp/mbsj…
皆様、こんにちは。detです。今回は、前回までの1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析からは少し離れまして、日本人の全ゲノムシーケンスデータに関する解析についてご紹介いたします。 2012年7月31日に慶応大の富田先生の全ゲノムが 日本DNAデータバン…
BEDフォーマットはゲノム上のポジションを示すのに使われているフォーマットで、遺伝子や結合部位などを示すのに広く使われています。元々はUCSC Genome Browserで使われていたフォーマットですが、最近は様々な解析ソフトウェアでも読み書きできるようです…
tokunagaです。 前回スクールDay3の演習では実際に2つのツールをインストールして動かしていただきました。 PATHの概念やシンボリックリンクなど、最初はなかなか理解しづらい箇所がありましたが、実戦を通しておわかりいただけましたでしょうか？ 前回のツ…
このたび弊社では大変ご要望が多かった『Linux基礎 短期コース』 3月期を神戸会場にて開講いたします。 座学と実践を組み合わせた実習形式で、次世代シーケンスデータの解析方法を 基礎から学ぶことができる内容となっております。 ご検討いただけましたら幸…
皆様、こんにちは。detです。前回に引き続きまして、1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析に関する記事を書かせていただきます。 今回は、1000人ゲノムJPTサンプルのデータ解析結果から得られたアレル頻度分布と、他の人種におけるアレル頻度分布を比較…
akbです。 本日は書籍のご紹介です。 小室淑恵の即効プレゼン術 小室 淑恵 著者の小室淑恵さんは株式会社ワーク・ライフバランスの代表取締役社長として活躍されています。以前、弊社のブログにてご紹介させていただきました「なぜ、あの部門は「残業なし」…
ゲノム解析の定番ソフトウェアに「Picard」というのがあります。 私はずっと「ピ・カード」と呼んでいましたが 学会などでは「ピカール」と呼ばれるのをよく聞きます。 正式には「ピカール」なんでしょうか？ マイクロRNAのデータベース「miRBase」も、 私は…
tokunagaです。 これまでにVCFtoolsを使ったVCFファイルの加工や比較の方法をご紹介しました。 VCFtools VCFtools② 今回はVCFファイルに関するRパッケージをご紹介いたします。 VariantAnnotation Bioconductorのパッケージです。 VCFフォーマットのファイル…
皆様、こんにちは。detです。前回に引き続きまして、1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析に関する記事を書かせていただきます。 前回は1000人ゲノムJPTサンプルのデータ解析から得られた、88人の多型情報をまとめたVCFファイルについてご紹介いたしまし…
2012年11月20日(火)〜22日(木)の3日間、東京ビックサイトにて 「産業交流展2012」が開催されます。 今回の「産業交流展2012」には、弊社が入居させていただいている 「東京ライフサイエンスインキュベーションセンター（TLIC）」が出展されます。 アメリエフ…
ふだん使いのマインドマップ 描くだけで毎日がハッピーになる 矢嶋美由希 マインドマップをご存知ですか？ 中央にテーマの絵を描き、思いついた単語を放射状に伸ばしていく、思考整理法の一つです。 この本は公式マインドマップインストラクターである著者が…
