群馬大・青木繁伸先生が公開されている、Rによるチャーノフの顔グラフ描画プログラムを使って、次世代シーケンサーの「顔」を描いてみました。
この論文のTable1から、Illumina MiSeq、Ion Torrent PGM、PacBio RS、Illumina GAIIx、Illumina HiSeq2000について以下の8つの値を入力しました。
・Instrument Cost(K$)
・Sequence yield per run(Gb)
・Sequencing cost per Gb($)
・Run Time(hour)
・Observed Raw Error Rate(%)
・Read length(bp)
・Paired reads(0:No,1:Yes)
・Insert size(bp)
顔グラフには変数が18個必要なのですが、8個しか用意できなかったため、残りの10変数はすべて0としました。
描画結果です！（クリックで大きくなります）
作為的なことはしていないのですが、さすがライバル、IonPGMとPacBioがにらみ合う構図になりました。脇でMiSeqが心配しています。
GAIIがニコニコしてかわいいです。Illumina3兄弟は共通点が多いと思っていたのですが、意外と似なかったです。
変数を増やしたら全然違う結果になると思います。ご興味のある方はぜひお試しください。
