アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

(Rで)VCFの読み込み "VariantAnnotation" ①

VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう! Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…

第3回アメリエフオープンセミナー開催!!

2012年に東北メディカル・メガバンク計画が開始され、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構(IMM)および東北大学東北メディカル・メガバンク機構の連携により、2017年3月に宮城県、岩手県の15万人を対象とした国内最大のゲノムコホートが構築…

創立記念ランチ会を開きました!

創立記念ランチ会 おかげ様で、7月1日でアメリエフは創立9周年を迎えることができました。 毎年、普段はなかなか食べられない「うな重」を社員で囲み、英気を養っています。 今年は暑さが続いているので、アイスクリームも出ました!写真は9周年の「9」を手…

cronを用いたコマンドの定期実行

こんにちは、hr-kです。今回はcronを用いたコマンドの定期実行について書いていきます。 「毎週このサーバの容量のログをとりたい」、「10分置きにこのコマンドを実行したい」ということがよくあります。 こんなとき、よく使われるのがcronと言うシステムで…

性染色体のgenotype

こんにちは。 VCF(variant call format)ファイルにおける、性染色体のgenotype表記についてご紹介します。 下に、VCFの例を示します。father、つまり男性の情報を見てみます。 fatherの列の左端に、それぞれの変異のGT(genotype、遺伝型)が載っています…

less画面上での文字列検索を楽に ~大文字小文字を区別させない~

lessで開いたファイル内での特定文字列(ex. hoge)の検索は、' /hoge 'と打てば可能です。 便利なのですが、queryの大文字小文字がきっちり区別されてしまうことには少々不便さを感じていました。 例えば、アノテーション情報付きVCFから特定データベース由…

vimを使いながらlsする。vimtutor先生より

コマンドラインで使えるテキストエディタ、 vim 。 使い方は色々なWebサイトや本でも学ぶことができますが、お手軽なチュートリアルが、コマンドライン上にも存在します。 それが vimtutor 。 コマンドライン上に、vimの使い方が表示され、 実際に表示された…