アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

IGV「igvtools 6」

今週も、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。
今日は、index機能を使います。
IGVでBAM file(.bam)やSAM file(.sam)を表示するには
・positionでsortする
・indexを付ける
必要があります。
index情報は、BAM index file(.bai)やSAM index file(.sai)などのindex fileに保存されます。
元fileとindex fileは、同じフォルダに配置する必要があります。

対応しているファイルは下記の通りです。

  • .sam, .aligned, .vcf, .psl, and .bed