おなじみsamtoolsにもtviewというCUIベースのビューアがあるのをご存知でしょうか。
今日はこのsamtoolsのビューア機能についてご紹介します。
早速起動してみましょう。
$ samtools tview BAMファイル
黒い画面が出てきました。
いきなり心が折れそうになりますが、ここで負けてはいけません。
「Shift」＋「？」をタイプするとヘルプが出ます。
いろいろなスクロール方法があるようです。しかし、第一番染色体の先頭からスクロールしてマッピング箇所を探すのは、砂漠で手がかりもなしにオアシスを探すような無謀な行動です。
「g」または「？」をタイプしてみましょう。
「Go to:」の後ろにポジション（chr1:1000000など）をタイプして「Enter」をタイプすると、その場所にジャンプすることができます。
リードがありました！
塩基に色をつけることもできます。
お世辞にも使いやすいとはいえず、これで解析するのは現実的ではないと思います。
イースターエッグ的な位置づけなのでしょうか。
それでもリードが表示されるとなんだかうれしいので、samtoolsが使える環境の方は一度はお試しください。
