アメリエフのブログ

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SAM format③

tokunagaです。

第一回目はSAM formatの概要について
第二回目はSAM formatのヘッダー部分についてお話ししました。
本日はSAM formatのアライメント部分についての説明をしたいと思います。

アライメント部分の形式は


というように
「QNAME」から「QUAL」までの11項目の必須フィールドと、その後ろに使ったツールや条件等で異なってくるオプショナルフィールドがあります。

・必須フィールドの項目




・オプショナルフィールド



オプショナルフィールドは、使用したツール等でタグの名前が決められていることがあるので詳しくはマッピングに使用したツールのwebページ等をご参照ください。

*参考URL
http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf