tokunagaです。
前回はSAM formatの概要についてお話ししました。
本日はSAM formatのヘッダーについて説明します。
ヘッダーには、シーケンスやリードグループなどのタグ情報が記述されており、以下のような形式で書かれています。
@＜TAG＞ ＜TYPE＞：＜VALUE＞ ＜TYPE＞：＜VALUE＞
（例）
@SQ SN:gi|49175990|ref|NC_000913.2| LN:4639675
＠マークの次にアルファベット2文字でタグが記され、
その後ろに「タイプ(アルファベット2文字)：バリュー」のセットが並んでいます。
そして、各タグおよびタイプの簡単な説明を下記の表にまとめました。
このタグとタイプの内容がバリューの部分に記されています。
これらの情報でヘッダー行以下のアライメント部分の定義をしています。
次はアライメント部分について説明したいと思います。
＊参考URL
http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
