アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

WebLogoを使ってみよう

WebLogoを使うと、複数配列の塩基の構成比を描画することができます。

以下に示すのは、miRBaseから取得した、ヒト、チンパンジー、ゴリラ、
マウス、ラットのmir-25配列です。

>hsa-mir-25 MI0000082
GGCCAGUGUUGAGAGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCUGGGC
AUUGCACUUGUCUCGGUCUGACAGUGCCGGCC
>ptr-mir-25 MI0003072
GGCCAGUGUUGAGAGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCUGGGC
AUUGCACUUGUCUCGGCUGAGACGCGCCCGCC
>ggo-mir-25 MI0003061
GGCCAGUGUUGAGAGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCUGGGC
AUUGCACUUGUCUCGGUCUGACAGUGCCGGCC
>mmu-mir-25 MI0000689
GGCCAGUGUUGAGAGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCUGGGC
AUUGCACUUGUCUCGGUCUGACAGUGCCGGCC
>rno-mir-25 MI0000856
GGCCAGUGUUGAGAGGCGGAGACACGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCUGGGC
AUUGCACUUGUCUCGGUCUGACAGUGCCGGCC


これをWebLogoのサイトに入力すると、以下のような画像が出力されます。
よく類似していますが、69-77塩基目あたりなどが少し異なるようです。



ローカル環境で実行したい場合は、ソースコードをダウンロードして
インストールし、次のように実行します。
$ ./weblogo -F png < 入力.fa > 出力.png

WebLogoは、塩基配列だけでなくアミノ酸配列でも実行できます。