昨日から、PACBIO RSについて書いています。 テンプレートとなるSMRTbell libraryは、DNAサンプルの両端でループ状になるアダプターをライゲーションすることで作成されます。シーケンスオプションは下記の通り。 ・Standard sequencing 標準的なシーケンシ…

PACBIO RSは、DNAポリメラーゼを利用することで、リアルタイム一分子シーケンシングを可能にしています。 ホームページに、SMRT（Single Molecule Real Time）シーケンシングを実現するための３つの技術革新について書かれていました。 簡単にまとめてみます…

今週は、第三世代シーケンサーについて少し調べて書いていこうと思います。 ３つのテクノロジー革新でSingle Molecule Real Time sequencingを実現したPacific BiosciencesのPACBIO RSや、 PostLight sequencing技術で期待を集めているIon Torrent Systemsに…

今週は、第二世代シーケンサーを比較する際のポイントについて、とりとめなく書いてきたので、そろそろまとめたいと思います。 ・データ量（リード長、目標リード長、タグ数） ・コスト（サイズ、導入、維持、ランニング） ・時間（ハンズオンタイム、ランニ…

今日も第二世代シーケンサーに関して書きたいと思います。 Complete Genomics社のサービスが、とても興味深いので触れておこうと思います。CGA™ Service (Complete Genomics Analysis Service) は、包括的な受託サービスを目指しています。 つまり、 ・シー…

第二世代シーケンサーに関して書きたいと思います。 各社ともにリード長を延ばす努力を行っています。 今年の目標は Roche 454 1000base Illumina 150base ABI SOLiD 100baseでした。 他にも、 GS Junior Bench Top System SOLiD PI Systemなど、 ベンチトッ…

第二世代シーケンサーと呼ばれる Roche 454 Illumina ABI SOLiD を比較する際のポイントを挙げてみます。 ・1ランあたりのデータ量（リード長、タグ数） ・コスト（導入、維持、ランニング） ・時間（ハンズオンタイム、ランニングタイム） ・精度 でしょう…

社長のリクエストにお応えして、まずはPlatformごとに書いていこうと思います。 Roche 454 Illumina HiSeq 2000 ABI SOLiD Helicos Complete Genomics Polonator Pacific Biosciences SMRT Ion Torrent ざっと書いてみました。 次世代シーケンサーも多様にな…

私の探し方が悪いのかもしれませんが、次世代シーケンサーのデータ解析について、日本語で網羅的に記述されたものが無いように感じます。 弊社でも次世代シーケンサーのデータ解析や、二次解析・三次解析用のパイプラインを構築しているので、社内でまとめた…

次世代シーケンサーの一つ、ライフテクノロジーズのSOLiDのデータ解析をしています。 オープンソースの解析ソフトは多数公開されていますので、そのソフトをつなぎ合わせて目的の解析をするパイプラインを構築するのですが、そのパイプラインの途中に組み込…