アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

鎖鋸

皆様こんにちは。detです。

本日は、とあるデータベースをご紹介したいと思います。

タイトルにもある鎖鋸とは、DRA/SRAなどのリードアーカイブの中から、論文が発表済みのリードデータのみを収集したデータベースです。DRAやSRAには論文が発表されていないリードデータも含まれるため、リードの質をチェックするために、こちらのデータベースで確認してみるのもいいかもしれません。
では、トップページにアクセスしてみましょう。 

何とも言えないキャラクターが登場します。



キャラクターの横に、検索窓がありますので、私がDRAで適当に検索した
SRA038332 と入力してみます。
もし論文があれば、タイトルとアブスト等の情報が出てきます。
また下の方には、リードに対してFastQCをかけた結果も表示されています。



以上のように、IDを入れるだけで、論文情報とリードクオリティを確認することができます。
まだ、アップされていない情報もあるようですので、今後の発展に期待したいですね。

それでは、また。