こんにちは！
今日は、NGS解析トレーニングで質問されることを書いてみます(﹡’ω’﹡)
FastQCは、シーケンスデータ（FASTQ, BAM, SAM形式）のクオリティコントロールを行うソフトウェアです。
調べられる項目が多く、結果がHTMLレポートで見やすいのでよく使われます。
www.bioinformatics.babraham.ac.uk
実行
次のコマンドで実行します。
複数のファイルを一度に実行できます。
$ fastqc [option] seqfile1 .. seqfileN
結果
結果はHTMLファイルでまとめられ、楽しいしわかりやすいのですが、
👩 「シーケンスデータが100サンプル分あるんだけど、HTMLを全部開くの？ 」
そうですよね。
これもおすすめ！
はそれとして、
100サンプル分の結果をさらっと見るのに役立つかもしれないファイルをご紹介します。
実は結果ファイルは、HTMLの他に Zipファイルがあります。
seqfile1_fastqc.html seqfile1_fastqc.zip seqfile2_fastqc.html seqfile2_fastqc.zip ...
$ unzip seqfile1_fastqc.zip $ ls seqfile1_fastqc Icons Images fastqc.fo fastqc_data.txt fastqc_report.html summary.txt
summary.txt には、チェック項目の結果（PASS, WARN, FAIL）がまとめられます。
PASS Basic Statistics seqfile1.fastq PASS Per base sequence quality seqfile1.fastq PASS Per tile sequence quality seqfile1.fastq PASS Per sequence quality scores seqfile1.fastq FAIL Per base sequence content seqfile1.fastq PASS Per sequence GC content seqfile1.fastq PASS Per base N content seqfile1.fastq PASS Sequence Length Distribution seqfile1.fastq PASS Sequence Duplication Levels seqfile1.fastq PASS Overrepresented sequences seqfile1.fastq PASS Adapter Content seqfile1.fastq
fastqc_data.txt は、HTMLに書かれている情報がテキストで書かれています。
##FastQC 0.11.9 >>Basic Statistics pass #Measure Value Filename seqfile1.fastq File type Conventional base calls Encoding Sanger / Illumina 1.9 Total Sequences 2630332 Sequences flagged as poor quality 0 Sequence length 26 %GC 51 >>END_MODULE >>Per base sequence quality pass #Base Mean Median Lower Quartile Upper Quartile 10th Percentile 90th Percentile 1 31.55765850090407 33.0 31.0 34.0 30.0 34.0 2 31.73386287358402 34.0 31.0 34.0 30.0 34.0 3 31.814750001140542 34.0 31.0 34.0 30.0 34.0 ...
100サンプル分...
方針としては、
お好みのプログラミング言語で、好きな項目を抽出してcsvなどに集計すると便利です。
簡単ですが思いついたシェルコマンドを貼って今日は終わりにします。
zipを全部解凍
summary.txt を探して、ファイル名と 'PASS' していない項目だけ画面に表示する
$ unzip *fastqc.zip
$ for file in `find . -name summary.txt`; do ls ${file} ; grep -v PASS ${file} ; done
csvに集計など、解析に応用できるプログラミング言語の入門なら！
トレーニング｜アメリエフ株式会社 | amelieff
