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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

すら(SRA)っとクイック(Q)に変換

バイオインフォマティクス

NCBI SRAからダウンロードしたファイルがsraフォーマットの場合、以下のコマンドでまとめてfastqに変換すると便利です。

$ find . -name '*.sra' -exec fastq-dump {} ¥;



fastq-dumpについては
NCBI SRA Toolkitの使い方
も、findコマンドについては
findの-execオプション
もご覧ください。