バイオインフォマティクス初心者が勉強を始める際に、最初に立ちはだかる壁は、Linuxという未知のOSとの相対だと思います。 最近はVirtualBoxなどの仮想化ソフトもネットにたくさんありますので、導入すること自体は皆さんできるかと思います。しかし、もし.…

Cytoscapeは、複雑なネットワークおよびその属性の図示、統合、分析に用いられるオープンソースのソフトウェアです。 遺伝子ネットワーク、ソーシャルネットワーク、路線図など、点(node)と線(edge)で構成されるデータセットを可視化することができます。 デ…

前回のブログでも少し触れましたが、10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 今回はそのGemCodeシステムに対応したゲノム解析パイプラインLong Rangerのご紹介をしたいと思います。 …

バイオ分野で使われているプログラミング言語には、バイオインフォマティクス向けのライブラリが用意されており、BioPerlやBioPythonなどをご存知の方は多いかもしれません。 最近注目されているGoogleによって開発されたGO言語にも、バイオインフォマティク…

2016年5月20日に開催した第44回、および27日に開催した第45回バイオインフォマティクス勉強会の 「フリーソフトではじめるNGS融合遺伝子解析入門」の資料を、一部修正してSlideShareに公開いたしました。 RNA-seqの基本的な解析方法にはじまり、融合遺伝子解…

2016年4月18日より、こっそり入社していましたmisawatと言います。 出身は神奈川ですが、相模原に住んでいるのでアメリエフのオフィスは少し遠いです。 大学では医療、大学院では分析科学をやってきました。 最近の分析機器は高性能なので簡単にビッグデータ…

新年度となり気持ちも新たに新オフィスで業務を開始いたしました。 オフィスの広さは約2.5倍になり新メンバーを迎え入れてのスタートです！ たくさんの方々から、引っ越し祝いを頂きました。 さらに身を引き締めて取り組んでまいります。