早くも4月が終わろうとしています。 お仕事でもプライベートでも、目が回るような忙しさでした。 「無理してでも最善を尽くして良かったな」と思えるのは、仲間や助言を下さった皆さまのおかげです。 ゴールデンウィークは、Rで素敵な図を描くために格闘した…

日本気象協会が4月6日に発表した桜開花日・満開日によると、東京都心の 開花日は3月28日（去年より6日遅い） 満開日は4月6日（去年より5日遅い）だったそうです。 ここでの「桜」とはソメイヨシノのことを指します。 先日の勉強会で、晩春に咲く桜があると教…

次世代シーケンサー（NGS）メーカーであるライフテクノロジーズ・ジャパンのSOLiDソフトウェアコミュニティのページに、弊社が掲載されましたのでお知らせいたします。 SOLiDソフトウェアコミュニティ ライクテクノロジーズ・ジャパン（旧アプライドバイオシ…

雨にもかかわらず、4/23(土)の【バイオインフォマティクス勉強会】「次世代シーケンサーのデータ解析入門」にお越しくださりありがとうございました。 質問も多数頂戴し、活発な議論ができたと考えております。 重ねまして、お礼申し上げます。ありがとうご…

明日は、第5回バイオインフォマティクス勉強会の日です。 今回の内容は、次世代シーケンサーのデータ解析入門です。 これまでの勉強会の内容を思い出してみると‥ 第1回 統計解析ソフトR入門 第2回 SNP解析の実践 第3回 ゲノムマップのviewer 第4回 バイオ研…

以前何度か紹介させていただいたBroad InstituteのゲノムブラウザIGV（Integrative Genomics Viewer）が３月にバージョンアップしていました。 IGV 2.0 beta版です。 ダウンロードはこちらからどうぞ http://www.broadinstitute.org/software/igv/EarlyAcces…

DRASearch http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/ で、オブジェクトごとにAccession番号のついたリストを表示できると紹介しました。 ちなみに、オブジェクトごとにAccession番号のプレフィックスが異なります。 DRA ： Submission（登録者など） DRP ： S…

「道をひらく」に続いて、 道をひらく 続 [文庫] 松下 幸之助 (著) を読みました。 人の在り方、社会の在り方を綴った本です。 豊かで美しい日本語を読みたくなったらこの本がおすすめです。

今週末23日(土)に行われる「バイオインフォマティクス勉強会 次世代シーケンサーのデータ解析入門」の準備をしています。 おかげさまで増席後も満席となっておりますので、期待の大きさに少々プレッシャーを感じつつも、自分たちが行っているNGSのデータ解析…

アメリエフ株式会社では、2011年度インターンを募集させていただくことになりました。 初めての試みですので不安も大きいのですが、「就業体験を通して学生さんと企業とのミスマッチを少しでも減らすこと」、「優秀な未来の社員をリクルートすること」の２つ…

DRASeqarch http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/ で欲しいデータを検索しましょう！ Statisticsを眺めると、どのくらいの数のどんなデータがどのように管理されているか、概要をつかむ事が出来ます。 「Released Entries」の各Typeをクリックすると、Acc…

「試しに、次世代シーケンサーで得られたデータの解析をしたいなぁ」 という時、皆さまはどうしていますか？？ 日本にいる皆さまは、ココ↓↓↓ DDBJ Sequence Read Archive (DRA) http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/index.shtml から、データをダウンロードして…

4月23日(土)の第5回バイオインフォマティクス勉強会「次世代シーケンサーのデータ解析入門」ですが、定員いっぱいとなりましたので、募集を締め切らせていただきます。 お申し込みいただきました皆さま、ありがとうございました。

キムです。 日本気象協会が、4月6日に発表した桜開花日・満開日によると 東京都心の 開花日は3月28日（去年より6日遅い） 満開日は4月6日（去年より5日遅い） だったそうです。 上野公園の桜は、日曜には満開だったので、ここ数日の雨と風で散り始めているか…

4/23(土)に開かれる第5回バイオインフォマティクス勉強会に、多くの皆さまからお申し込みをいただきありがとうございました。 内容は、次世代シーケンサーのデータ解析入門です。 お手数ですが、詳細は社長ブログをご覧ください。 お申し込みは弊社ホームペ…

アメリエフ文庫から拝借して、また新しい本を読み始めました。 基礎から学ぶ楽しい疫学 [単行本] 中村 好一（著） そうです。疫学の本です。 アメリエフは医療情報のデータマイニング／システム構築／ソフトウエア開発などの疫学研究に関するサービスを精力…

さて、統計の勉強も続行中です！！ 今まで手に取った統計の本で一番面白かった本です。 図解入門 よくわかる最新ベイズ統計の基本と仕組み (How‐nual Visual Guide Book) [単行本]

次世代シーケンサー対応ビューワが続々と公開されています。 ここ http://lh3lh3.users.sourceforge.net/NGSalnview.shtml によく耳にするビューワ7個の機能一覧があります。 フリーのビューワをお探しの方は、是非ご参考にどうぞ。

キムです。 最近読んで面白かった本のご紹介です。 道をひらく [文庫] 松下 幸之助 (著) 道をひらく 続も読みたいところですが、週末に読むとして・・・ 今から、技術系の本を探しに行ってきます！

GWAS解析ソフト「PLINK」のWindows版ラッパーソフトである「QuickGWAS Academic」がバージョンアップされました。 PLINKは、SNP解析、GWAS解析、ハプロタイプ解析、連鎖解析、層別化解析などなど、各種のSNPをベースとした遺伝統計解析ができるオープンソー…

キムです。 最近、GEN2PHEN ConsortiumのHPをのぞく機会が増えてきました。 http://www.gen2phen.org/ GEN2PHENプロジェクトは、ヒトゲノム計画から怒涛の勢いで増大している‘parts list ’ ( the gene sequences ) と ‘toolkit ’ ( technologies )を、「Geno…