アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

2013-01-01から1ヶ月間の記事一覧

GISTIC解析

きむです。 本日は、GISTIC解析についてご紹介します。 GISTICとは、ヒトのがん細胞における Somatic Copy-Number Alterations( SCNAs )を検出するためのツールです。 論文はこちらです。 GISTIC2.0 facilitates sensitive and confident localization of th…

次世代シーケンスデータ解析サーバーのHPをリニューアルしました

弊社では研究目的に合わせてお選びいただける、下記の2つの解析サーバーをご用意しております。 ☆スタンダード ☆エンタープライズ 2つのサーバーはCPU、メモリ、ストレージ、冷却システムなどの性能に違いがありますが、最も特徴的な差は、サーバーによって…

1万時間の法則

「1万時間の法則」という言葉を耳にしたことはありますか? 凡人であっても、真剣に累積1万時間くらいやれば、その道を極められるという考えだそうです。 私はバイオインフォの世界に入ったのがほぼ10年前なので、1日8時間仕事をしたとして 8H * 20Day * 12M…

鎖鋸

皆様こんにちは。detです。 本日は、とあるデータベースをご紹介したいと思います。 タイトルにもある鎖鋸とは、DRA/SRAなどのリードアーカイブの中から、論文が発表済みのリードデータのみを収集したデータベースです。DRAやSRAには論文が発表されていない…

SRAをRで検索

毎日寒いですね。 家ではこたつから出られなくなって、こたつの中で生活している方もいらっしゃるのではないでしょうか。 今日は、RでNCBI SRAのデータを検索するRパッケージ「SRAdb」をご紹介します。 最近出たばかりのSRAdbの論文はこちらです。 Zhu Y, St…

エクソーム/RNA-seq/ChIP-seqデータ解析キャンペーンのお知らせ

キャンペーン期間:2013年3月15日(金)ご発注分まで NGSデータ解析を最短2週間で特別プライスにてご提供いたします。 ■プラン その他の生物種につきましてはご相談ください ■納期 最短2週間 ベーシックプランで4サンプルまでご注文の場合、2週間で発送いた…

NGSの「顔」

チャーノフの顔グラフは、多次元のデータを「顔」のパーツの大きさや配置にあてはめて視覚的に示す手法です。 群馬大・青木繁伸先生が公開されている、Rによるチャーノフの顔グラフ描画プログラムを使って、次世代シーケンサーの「顔」を描いてみました。 こ…

統合データベース講習会に参加してきました

皆様こんにちは。detです。 先週の土曜と日曜に、NBDC主催の「統合データベース講習会(AJACS駿河)」に参加してきました。 今回は生命科学系のデータベースに関する講演だけでなく、超高速シーケンサーのデータ解析パイプラインに関する講演もあり、様々な…

第20回バイオインフォマティクス勉強会「Exomeデータ解析入門」開催のお知らせ

第20回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回の勉強会では、多因子疾患のRare Variant探索を目的とした『Exomeデータ解析』を中心にご紹介したいとおもいます。 さらに、株式会社KMデータの谷口様をお招きして、Exome解析から得られた遺伝子の…

私の話し方は軽すぎました

その話し方では軽すぎます! エグゼクティブが鍛えている『人前で話す技法』 矢野香 これは、NHKで長年アナウンサーをされてきて 「正統派スピーチ」第一人者を名乗る矢野 香さんが書かれた 「話し方」についてすぐ使えるノウハウがつまっている本です。 こ…

サポート

皆様、こんにちは。detです。 弊社のお客様には、アカデミアでご活躍されている先生方も大勢いらっしゃいます。私も、昨年4月にアメリエフにやってくる前は、アカデミアの世界でポスドクをやっていました。アカデミアの世界における評価尺度の一つに、論文が…

Linux基礎 短期コース in 神戸 3月期 お申込み受付中です

バイオインフォマティクス・スクール『Linux基礎 短期コース in 神戸』のご案内です。現在、3月期のお申込みを受付けております。 Linuxを扱った経験がない方や初級者の方、また集中して学習したい方におすすめのコースとなります。 ■Linux基礎 短期コース 2…

風邪と入浴

皆様、こんにちは。detです。 この季節、風邪をひかれている方も多いのではないでしょうか。 私も、先月はずっと体調を崩していました。栄養ドリンクを飲んだり、ミカンを食べたりと頑張ったのですが、体調は良くなりませんでした。そして、そのまま年末に帰…

DNA折り紙

あけましておめでとうございます。hatです。 冬休みは折り紙にはまって、家にこもって 変わった種類の鶴やなにかをずっと折っていました。 ふと「DNA 折り紙」でネットを検索したところ DNA二重らせんの折り方を紹介しているサイトがありました。 うまくでき…