GO解析結果の可視化について実践的に解説します。RNAseq由来の遺伝子セットに対するエンリッチメント解析を題材に、Upset plotやGSEA plotなど多様な図の作成方法を紹介。必要なパッケージやエラー対応も丁寧に説明し、再現性を意識した内容となっています。

GO解析結果の可視化について実践的に解説します。enrichplotを用いて、RNAseq由来の遺伝子セットに対するエンリッチメント解析を多彩な図で表現。エラー対応や再現性の工夫も交え、研究者が自分の環境で再現できるよう丁寧に紹介しています。

GO解析結果の可視化について実践的に解説します。RNAseqデータから得られた遺伝子セットに対するエンリッチメント解析の基本から、DOSE・enrichplotパッケージを用いたRでの可視化手法まで、コマンドの意味やデータ構造の確認を丁寧に紹介。研究者が自分のデ…

R関連の技術書を実体験を交えて紹介します。初学者向けから中級者向けまで、Rの基本操作やtidyverse、データサイエンスの実践的な内容を網羅。学習スタイルやコマンド実行の工夫にも触れ、読者が自分に合った方法で継続できるよう丁寧にまとめています。

バイオインフォマティクスに役立つ技術書を実体験を交えて紹介します。LinuxやPythonの基礎から応用まで、初心者向けの書籍を中心にコメント付きで解説。言語選びや学習のコツも添え、気軽に学び続ける姿勢の大切さを伝えています。

本記事では、前編で準備したairwayデータを用いて、**ORA（Over-Representation Analysis）とGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）**の実行例と可視化方法を紹介しています。RのclusterProfilerパッケージを中心に、enrichGOとgseGO関数を用いた解析を行い…

本記事では、R環境でのGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）解析の実践的な流れを、airwayパッケージの公開データを用いて丁寧に解説しています。ヒト気道平滑筋細胞に対するステロイド処理の有無による発現変動をDESeq2で解析し、その結果をもとにエンリッ…

Rパッケージ venn.diagram を用いて2円のベン図を描画する際の注意点をご紹介します。

2023年に中途入社したkutsuwadayの自己紹介編