今日は、下記URLのサンプルデータをIGVで表示します。
http://software.broadinstitute.org/software/igv/CN
CN File Format欄のmynah.sorted.cn(8.55MB)をダウンロードして保存します。
ファイルの中身を見ます。
SNP Chromosome PhysicalPosition MYNAH_p_Affy_plate_9_Mapping250K_Sty_A02_49084 MYNAH_p_Affy_plate_9_Mapping250K_Sty_A04_49116
SNP_A-1909444 1 792429 2.524 2.792
SNP_A-2237149 1 817376 2.104 2.238
SNP_A-4303947 1 819185 2.448 1.472
SNP_A-2236359 1 832343 2.145 1.869
SNP_A-2205441 1 839326 2.197 1.941
SNP_A-2116190 1 1043552 2.464 1.602
：
縦に238304SNP、横に２つの解析結果(SNPごとのP値)が並んでいます。
step１
igv_win.batをクリックしてIGVを起動します。
step２
メニューバーの「File」をクリックして、「Load from File」を選択します。
Select Filesウィンドウが立ち上がるので、ファイルを選択します。
step３
データが表示されました。
来週に続きます。
