本日は、eigenstratに必要なファイルを紹介させていただきます。
eigenstratでは、下記の3つのファイルが必要となります。
・pedファイル
・pedindファイル
・pedsnpファイル
pedファイルの形式は、plinkやmerlinのものとほとんど一緒です。
1列目： Family ID
2列目： sample ID
3列目： Father ID
4列目： Mother ID
5列目： sex(male=1, female=2)
6列目：case-control(control=1, case=2)
※ここは、affection情報でも良いです。
7列目以降：genotype
pedindファイルは、pedファイルの1列目から6列目までをsample毎に各行に設置します。
pedsnpファイル形式は、plinkやmerlinのmapファイルの様なものです。
1列目： chromosome number
2列目： snp name
3列目： genetic position (Morgan)
4列目： physical position (bp)
が必須です。
5列目は、optionalです。
5列目： alleles（reference variant）
上記のファイルをeigenstratを用いて、eigenstrat用のファイル形式に変更します。
