昨日は、eigenstratに必要なファイルとその形式を記述致しました。
本日は、それらのファイルをeigenstrat用に変換する方法を記述します。
よろしくお願いします。
ここでeigenstratに必要なファイルを再度下記に記します。
・pedファイル
・pedindファイル
・pedsnpファイル
今回は、eigenstratのCONVERTFディレクトリ内に付属しているexampleファイルを用います。
・example.ped
・example.pedind
・example.pedsnp
上記のファイルをeigenstrat用に変換するためには、CONVERTFディレクトリ内にあるpar.PED.EIGENSTRATのファイル内を書きなおす必要があります。
※CONVERTFディレクトリ以外のディレクトリで使用する際は、このファイルをpedファイル等があるディレクトリ内にコピーしておきましょう。
※今回はeigenstratに付属されているファイルを使用するため、変更はしていません。
par.PED.EIGENSTRATファイル内は下記のようになっています。
genotypename: example.ped
snpname: example.pedsnp # or example.map, either works
indivname: example.pedind # or example.ped, either works
outputformat: EIGENSTRAT
genotypeoutname: example.geno
snpoutname: example.snp
indivoutname: example.ind
familynames: NO
変更箇所は以下の通りです。
Input用変更箇所（準備したファイル名を記入します）
Genotypename：pedファイル名
Snpname：pedsnpファイル名
Indivname：pedindファイル名
Output用変更箇所
Outputformatは変更せず。
Genotypeoutname：output名.geno
Snpoutname：output名..snp
Indivoutname：output名..ind
Familynames：ある場合は記述し、ない場合は“NO”
par.PED.EIGENSTRATファイル変更後、CONVERTFディレクトリ内で
../bin/convertf -p par.PED.EIGENSTRAT
とタイプしましょう。するとeiganstrat用のファイル
example.geno
example.ind
example.snp
が作成されます！
