特定の文字列を含む行を抜き出す便利なコマンドgrep。
最近便利に使っているオプションをご紹介します。
それは grep -c 。
grepコマンドで取得できた行数を出力してくれるオプションです。cはcountのcと覚えています。
これを知らなかったときは、grepコマンドの結果をwcコマンドで数えていましたが、-cオプションの方が便利です。
例として下記のようなVCFファイル sample.vcfがあったとします。
ヘッダ行を除いたデータ行の出力コマンドは以下になります。
$ grep -v "^#" sample.vcf
※ -v は指定文字列を除いた行を出力するオプション、^は行頭を示す記号です。
データ行を数えるときは以下のコマンドです。
$ grep -c -v "^#" sample.vcf
3
ちなみにこのオプションを知らなかったときは、こう数えていました。もちろん結果は同じですよ。
$ grep -v "^#" sample.vcf | wc -l
3
