アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

NGS解析と楽しい解析ログ

わたしがリスペクトしてやまないソフトウェアを紹介します。

どこがいいかというと、機能はもちろんですが、その解析ログ! (ソフトを実行すると画面に流れる文字のことです)

RSubread

アラインメント(マッピング)ツールです。
RパッケージじゃないノーマルSubread も確かあるのですが、RSubreadのほうをよく使う筆者です。
(その後の発現比較や作図にRパッケージを使うから)

時間がかかるコマンドなのですが、実行していると・・・

        ==========     _____ _    _ ____  _____  ______          _____
        =====         / ____| |  | |  _ \|  __ \|  ____|   /\   |  __ \
          =====      | (___ | |  | | |_) | |__) | |__     /  \  | |  | |
            ====      \___ \| |  | |  _ <|  _  /|  __|   / /\ \ | |  | |
              ====    ____) | |__| | |_) | | \ \| |____ / ____ \| |__| |
        ==========   |_____/ \____/|____/|_|  \_\______/_/    \_\_____/
       Rsubread 1.32.4

存在感のある大きな文字が流れていってびっくりします

Trinity

de novo assemblyツールです。

     ______  ____   ____  ____   ____  ______  __ __
    |      ||    \ |    ||    \ |    ||      ||  |  |
    |      ||  D  ) |  | |  _  | |  | |      ||  |  |
    |_|  |_||    /  |  | |  |  | |  | |_|  |_||  ~  |
      |  |  |    \  |  | |  |  | |  |   |  |  |___, |
      |  |  |  .  \ |  | |  |  | |  |   |  |  |     |
      |__|  |__|\_||____||__|__||____|  |__|  |____/

    Trinity-v2.9.1

これは解析ログはもちろん、ヘルプ(usage)を出しただけで 出てきます。

もしかして同じ人がつくったの?

・・・と調べてみましたが、Trinity はアメリカ、RSubread はオーストラリアの研究者が著者となっていました。

De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis | Nature Protocols

R package Rsubread is easier, faster, cheaper and better for alignment and quantification of RNA sequencing reads | Nucleic Acids Research | Oxford Academic

システム開発委託をお考えのお客様、
「こんな解析ログがいい!」とリクエストがあったら仰ってみてくださいね!

おまけ

巨大な文字(アスキーアート)を作れるWebサービスを見つけました。

AA文字メーカー

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作ってみた