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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ゲノムブラウザについて(番外編)

弊社のキムが連載している「ゲノムブラウザ」についてのブログ記事が
ご好評をいただいております。
たくさんのアクセスを頂き、本当に嬉しいです。
ありがとうございます。


ゲノムマップを閲覧するビューアーのニーズは10年以上前からありましたが、ヒトゲノムのドラフト配列が決まった2000年ごろから特に必要性が高まっています。

全ゲノム領域を対象とした研究・解析が進展し、ゲノムのアノテーションが充実してきている今日では、その重要性は益々高まるばかりです。


そうした背景があるため、UCSCが公開している「Genome Browser」は多くの研究者の支持を集めて、業界標準ビューアーの一つになっています。

他にも、遺伝子発現を測定するマイクロアレイチップで有名なAffymetrix社が自社チップのユーザー向けに提供し始め、今ではオープンソースになっているIGBが、以前からのユーザーの根強い支持を集めています。

最近では、Broad Instituteが公開するIGVにも注目が集まり、幅広い入力ファイル形式に対応することで、支持を集めています。

サーバー組み込み用途では、GBrowseやJBrowseなどのオープンソースが存在し、メジャー・マイナー・特定用途など多くの種類のゲノムブラウザが世に出ています。


商用ソフトも多く、オープンソースには無い機能を追加するなど、各社がしのぎを削っているのが現状です。


弊社としては、オープンソースのビューアーを第一候補としてお客様(メインは公的研究機関の研究者)にご提案していますが、用途に応じて研究室内でのサーバー構築や、商用ソフトのご紹介をさせていただいております。

今回のブログ記事が、少しでもみなさまのお役に立てましたら幸いです。