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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

誰でも簡単にPrimer設計!への道 ~Primer3について~

プライマー設計

こんにちは。タノです。
本日からPrimer設計ソフトに関する記事を書いていきます。よろしくお願いします。

ある先生からこんなことを言われました。
「Primerを設計するときはさ、配列マップを見ながら目的の配列に近い部分を探して、GC含有量やTmを考慮しながら設計をしているよ。面倒だし、なかなか思い通りには増えないんだ。」

その先生曰く、Primer設計ソフトを試してみたこともあるとのことでしたが、条件設定が簡単でかつ1度の設定で多数のプライマー設計結果が得られるようにかゆい所に手が届くようなものがないとおっしゃっておりました。

弊社のブログでは、以前よりフリーのプライマー設計ツールであるPrimer3を紹介させていただいております(参照ブログ)。
こちらのツールは、YouTubeにも使い方が掲載されるほど、世界中で使用されているオープンソースツールです。
ユーザーは、目的の位置や、primerの長さ、Tmなど様々な条件を設定することができ、かつ瞬時に設計されたprimerの情報を得ることができます。
Primer3は、コマンドラインを用いることで、タンデムまたは複数箇所のprimerを容易に設計することが可能です。一方で、優れた機能がある反面、慣れない方にはコマンドラインを書くことが面倒でもあります。
先ほどの先生がおっしゃった「かゆいところに手が届くようなものがない」とはまさにここです。
そこで弊社では、必要最小限の情報をユーザーが記入するだけで、タンデムにおよび複数のターゲットから設計可能なプライマー設計ソフト“QuickPrimer”を作成致しました。

このソフトは、Primer3のWindows版GUIインターフェースです。

明日からは、“QuickPrimer”に含まれる2つの機能の詳細を書いていきます。