アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

プライマー設計

プライマー設計、行います

akbです。 いつもブログをご覧いただきましてありがとうございます。 さて、右脇のバナーが新しくなったことにお気づきでしょうか。 プライマー設計受託サービスです。 大量設計にも対応しておりますので、プライマーの設計にお困りの方は、ぜひご検討くださ…

QuickPrimer Lite1.0.1を公開しました

お待たせ致しました。 QuickPrimerLite1.0.1を公開致しました。 QuickPrimerLite1.0.1は、弊社のソフトダウンロードページよりダウンロードしていただく事が可能です。 今回バージョンアップした内容は、以下の通りです。 ・QuickPrimer Liteを起動する際、S…

QuickPrimer Liteの不具合に関しまして

昨日、弊社がリリースしているQuickPrimer Lite 1.0.0をWindows XPで使用する場合、不具合が生じるとのご指摘を頂きました。 この様な御意見は、私共開発側にとって、とてもありがたい御意見です。 貴重なご意見に感謝すると共に、ご迷惑をおかけしましたこ…

Primer3のダウンロード方法

QuickPrimer Liteにつきましてご指摘を頂きましたので、こちらのブログにて説明をさせていただきます。よろしくお願いいたします。 弊社のソフトダウンロードページにあるQuickPrimer Liteの必須ソフト項目からprimer3.exeをダウンロードする方法を説明させ…

“QuickPrimer”が細胞工学7月号に掲載されました!!

“QuickPrimer”に関する案内が6月22日に発売された細胞工学(学研メディカル秀潤社)7月号の広告欄に掲載されました。 私は、大学院時代に細胞を用いた実験をする機会が多かった事もあり、「細胞工学」は愛読書の一つです。「細胞工学」は、ライフサイエンス…

QuickPrimer Liteの使用方法 〜Tandem編〜

本日は、QuickPrimer Lite(以下、当ソフト)のTandem機能について記述致します。よろしくお願いいたします。 Tandem機能につきましても、以前弊社ブログにて紹介させていただきました。 図1 Tandem機能イメージ図 図1のように広範囲に渡るTarget領域をシーケ…

「QuickPrimer Lite」ダウンロードページ

本日、QuickPrimer Liteのダウンロードページが見つからないとのご指摘を頂きました。ご迷惑をおかけして申し訳ありませんでした。 急遽、文字のサイズを変更して対応させていただきました。 【ダウンロード方法】 1.アメリエフ株式会社ソフトダウンロードペ…

QuickPrimer Liteの使用方法 〜Target編〜

本日より、QuickPrimer Lite(以下、当ソフト)の使用方法を記述していきます。 本日は、Target機能について記述致します。よろしくお願いいたします。 Target機能につきましては、以前ブログでも紹介させていただきました。 図1 Target機能イメージ図 当ソ…

「QuickPrimer Lite」公開

本日、Windows版 Primer3のGUIフロントエンドとなるソフトウェア「QuickPrimer Lite」を公開いたしました。トップページの「ソフトのダウンロード」、もしくは「サービス」→「ソフトのダウンロード」からダウンロードページをご覧ください。 詳細は明日以降…

誰でも簡単にPrimer設計!への道 ~QuickPrimerのTandem機能について~

こんにちは。タノです。 昨日のブログでは、弊社で作成した“QuickPrimer”の1つ目の機能であるTarget機能について紹介させていただきました。 本日は、2つ目の機能であるTandem機能について紹介します。よろしくお願いします。 あるゲノムの広範囲(数kb)に渡…

誰でも簡単にPrimer設計!への道 〜QuickPrimerのTarget機能について〜

こんにちは。タノです。 今日の東京は、とてもお天気に恵まれていました。思わず鼻唄が出てしまいました。 昨日のブログでは、Primer設計ソフトである“QuickPrimer”を開発中であることをお伝えしました。 本日は、“QuickPrimer”に含まれるTarget機能について…

誰でも簡単にPrimer設計!への道 ~Primer3について~

こんにちは。タノです。 本日からPrimer設計ソフトに関する記事を書いていきます。よろしくお願いします。 ある先生からこんなことを言われました。 「Primerを設計するときはさ、配列マップを見ながら目的の配列に近い部分を探して、GC含有量やTmを考慮しな…

プライマー設計ソフト「Primer3」のGUIインターフェース

先々週の金曜日にアナウンスしました「Windows版 Primer3のGUIフロントエンド」について、多数のお問い合わせをいただいております。 この場を借りてお礼申し上げます。 Web版やコマンドライン版、有償のプライマー設計ソフトはいくつか存在しますし、バクテ…

Primer3の使い方

こちらのブログでも紹介しているプライマー設計ソフト 「Primer3」ですが、セットアップ方法や使い方についての お問い合わせをいくつか頂いております。 Windows版も公開されていますが、 基本的にはCUI(コマンドライン)上で動作させるプログラムなので、…

プライマー設計ツール -目的に合ったプライマーを設計したい!2-

前回は、Primer3を用いて 複数のプライマー設計を一気に行いました。 条件を設定するだけで、 自動的に、 配列情報を探して Primer3にかけて 結果から必要な情報だけを取り出して 一覧表にしてくれる。 そんなツールを作れないだろうかと考えています。 ゲノ…

プライマー設計ツール -目的に合ったプライマーを設計したい!1-

今回と次回は、実際の研究を想定してprimer3を使ってみます。 ある病気の原因遺伝子を探索する研究を考えます。 まず、ゲノム全域を探索する(ゲノムワイド関連解析 = GWAS)ため、 100万SNPのジェノタイピングアレイを行いました。 統計的な検定を行うと、 …

プライマー設計ツール -Primer3-

今日は、プライマー設計のお話です。 PCRでDNAを増幅させるとき、プライマーが必要ですね。 私は、 ターゲットとなる配列を眺めながら、 塩基の偏りがなさそうな領域を見つけ出し、 反復配列や相補的配列に気を配りながら、 GC含量やTmを計算して、 おっと!…