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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ChemmineRを使ってみよう【2】

ChemmineRの紹介記事2回目、前回はパッケージのインストールとSDFファイルの取得(読み込み)の方法をご紹介しました。
今回は、取得した読み込んだデータのアクセス方法と、SDFデータの確認方法をご紹介します。

前回は、CIDからgetIds関数で、またはSDFファイルの読み込みによってSDF情報を読み込んで、sdfsetというSDFsetオブジェクトを作成しました。
sdfset
An instance of "SDFset" with 10 molecules
class(sdfset)
[1] "SDFset"
attr(,"package")
[1] "ChemmineR"
SDFsetオブジェクトの各要素には、以下のようにしてアクセスします。
sdfset[1] # 1番目の要素にアクセス
sdfset[5:10] # 5〜10番目の要素にアクセス
SDFsetオブジェクトのヘッダを見るときはheader関数を使います。1つめの化合物のヘッダは次のようにしてみることができます。
header(sdfset[1])
$CMP1
Molecule_Name
"650001"
Source
" -OEChem-07071010512D"
Comment
""
Counts_Line
" 61 64 0 0 0 0 0 0 0999 V2000"

続きから、読み込んだSDFデータの確認をしていきます。