キムです。
先週は、PLINKを用いたQTL解析やGWAS、Expression QTL解析を紹介してきました。
今日からは、ExpressionQTL解析で有意差が確認されたSNPのデータから、
Rを使って箱ひげ図を作成する作業をしていきたいと思います。
Rは統計計算とグラフィック機能を兼ね備えたフリーの統計解析ソフトウェアです。
Rによる統計解析については、私はオーム社から出版されている
「Rによる統計解析」という本を愛読させていただいております。
ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモというサイトも大変参考になります。
ここでは、解析結果の可視化に焦点を絞りお話していきたいと思います。
Rについてはまだまだ勉強中の身ですので、至らない点などございましたら、
ご指摘いただけますと幸いでございます。
では、次回へ続きます。
【参考】
・PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml
・ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ
http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/
