昨日は、Rで図を描くために
１．データファイルの準備
２．データファイルの読み込み
の２ステップを行いました。
今日は、３ステップ目の「グラフの描画」です。
作図ドライバを起動して、PNG形式の画像ファイルに書き込んでいきます。
「''」の中でファイル名を「rs100.png」に指定しています。
png関数を使用します。
> png('rs100.png')
次に、boxplot関数で箱ひげ図を書いていきます。
発現量のような連続変数は縦軸、遺伝型のようなグループを表す変数は横軸になります。
> boxplot(expression~genotype, data=rs100)
最後に作図ドライバを閉じます。
> dev.off()
無事に、作業ディレクトリに「rs100.png」ファイルが作成されたか確認してみましょう。
ちょっとそっけないですね。
では、オプションを設定して見やすい図を作成してみます。
> png(filename="rs100deco.png", width = 400, height = 400)
> boxplot(expression~genotype, data=rs100, main="rs100", xlab="genotype", ylab="expression", cex.main=2, cex.axis=1.3)
>dev.off()
いかがでしょうか。
他にもいろいろ設定できますのでお試しください。
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