本日は、ゲノム情報から主成分分析を行うソフトeigenstratを紹介させていただきます。
よろしくお願いします。
Eigenstratは、主成分解析法をもちいて集団の構造化を解析し、関連検定の結果を補正するソフトウェアツールです。
ダウンロードはコチラから
まず上記のサイトから、eigenstrat(eig4.2.tar.gz)をダウンロードしてください。
解凍します。
tar zxvf eig4.2.tar.gz
Eigenstratで使用するコマンドは、binディレクトリ内に保存されています。
使用する際は、binまでのアドレスをいれて使用するか、pathを通しておきましょう。
また、Eigenstratは下記のものを入れておく必要があります。
・g77 (yum install g77＊)
・lapack(yum install lapack＊)
・atlas(yum install atlas＊)
・compat(yum install compat＊)※CompatはCentOS6.0以上の場合は入れてください。
