抗体のV(D)J配列のマッピングする場合には、BLASTのアルゴリズムを利用したIgBLASTはとても便利です。
しかし、FASTQファイルが使えないことや、出力結果が独自フォーマットであることなどから、扱いづらいと感じることもあります。
また、ローカルで実行する場合はデータベースを準備するのが面倒だったりします。
そんな難点を解消してよしなにしてくれるのがMiGMAPです。
特徴
- FASTQファイルを入力として使える（クオリティによるフィルタリングができる）
- クローンタイプごとの頻度集計をしてくれる
- V, D, J各セグメントにおける変異を、塩基配列、アミノ酸配列それぞれでレポートしてくれる
- 下流解析としてsomatic hypermutation（体細胞超変異）のサマライズ、クローンタイプのネットワーク図が作れる
インストール
MacOS と Linuxの場合は Homebrew/Linuxbrew か biocondaでインストール（IgBlast1.4.0が一緒にインストールされます）ができます。
Homebrew/Linuxbrew
brew tap mikessh/repseq brew install migmap-macos # or migmap-linux
bioconda
conda install migmap
基本的な使い方
java -jar migmap-1.0.2.jar -R <gene> -S <species> sample.fastq.gz out.txt
-RオプションでIGH, IGL, IGK, TRA, TRB, TRG, TRDから遺伝子を指定（複数指定する場合はカンマ区切りで指定）
-Sオプションでhuman, mouse, rat, rabbit, rhesus_monkeyから生物種を指定
※実行にはJava1.8が必要です。
※Homebrewでインストールした場合は、JARファイルを指定しなくても単純に migmap コマンドで実行できます。
リードごとに出力する場合
--by-readオプションをつけるとリードごとに結果が出力されます。
java -jar migmap-1.0.2.jar --by-read -R <gene> -S <species> sample.fastq.gz out.txt
下流解析
体細胞超変異のサマライズとクローンタイプのネットワーク図を作成するには下記のコマンドを実行します。
※下流解析実行前にコンティグのマージとエラー補正を実行することが推奨されています。
モジュールを実行する際は-jarではなく、-cpを指定します。
java -cp migmap-1.0.2.jar com.antigenomics.migmap.Analyze -R <gene> -S <species> out.txt out
出力される out.shm.txtからRを用いて体細胞超変異のsilent:replacement (S:R)比で色分けしたスキャッタープロットを描画できたり、
out.net.txt と out.node.txt と out.edge.txtからCytoscapeを用いてクローンタイプのネットワーク図の作成ができたりします。
MiGMAPはオプションが多く、下流解析までできる便利なツールなのでIgBLASTを使っている方、使おうと思っている方は一度使ってみるとよいかもしれません。
以上、最近カワウソを飼いたいonouekからでした。
