バイオインフォマティクスの分野に限らず、様々な数値データをグラフで可視化したいという要望はよくあります。手作業でよければエクセル等の表計算ソフトを利用する事もできますが、グラフの描画を自動化したい場合はどうすればいいのでしょうか。
そこで、今回は、Pythonでグラフを描画するパッケージである「matplotlib」を紹介いたします。matplotlibの詳細についてはこちらのwikipediaのページが詳しいので、こちらを参照ください。では、さっそくmatplotlibをインストールしてみましょう。今回インストールした環境は以下の通りです。
CentOS 6.4 64bit
Python 2.7.2
numpy インストール済み
matplotlibの実行にはnumpyが必要になります。numpyが入っていない場合は、こちらのページなどを参考にインストールしてください。
次に、matplotlibのインストールに進みます。mapplotlibのダウンロードページを開き、matplotlib-1.3.0.tar.gz をクリックしてダウンロードします。ダウンロードが終わりましたら、以下のコマンドで解凍し、出来たディレクトリに移動します。
$ tar zxvf matplotlib-1.3.0.tar.gz
$ cd matplotlib-1.3.0
そこでルートユーザーになって、以下のコマンドを入力すると、インストールが完了します。
$ su
# python setup.py build
# python setup.py install
matplotlibのインストールにはnumpy以外にもいくつかの外部パッケージが必要になります。それらが入っていない場合は、matplotlibのInstallingのページを参考にされるといいかもしれません。
次回からはmatplotlibの使い方を紹介したいと思います。
