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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ENCODE勉強会

先月、ENCODEプロジェクトから約30報の論文が発表されました。

これを個人で全部読むのは大変だということで、東大の尾崎さんが音頭をとってくださった「皆で集まってENCODE論文を一気に輪読する会」に参加してきました。

東京会場・大阪会場・仙台会場をPolycomでつなぎ、発表は各自10分、質疑応答はTwitterで行うという流れで、テンポよく大量の論文のエッセンスを知ることができ、非常に有益な会でした。

内容は、Non-coding領域に関するものが多かったです。

Non-coding RNAは、以前「宝の山だ」と大フィーチャーされた後、少しブームが沈静気味だった印象があるのですが、次世代シーケンサーで安価に大量にデータが取得できるようになったことで、また研究が加速してきているように思います。
RNA-SeqとChIP-Seq、RNA-SeqとCAGEを併用するなどの合わせ技を使うことが多いようです。

Regulatory elementのSNPを集めたRegulomeDBも公開されました。
コーディング領域以外も解析対象とするなら、dbSNPだけではなく、このようなデータも使っていく必要がありますね。