構造変異の論文などでよく見かけるこのような図は
Circosというソフトウェアで描くことができます。
Circosのサイトより
◆Circosのインストール
http://circos.ca/software/download/circos/から適当なバージョンのアーカイブをダウンロードして解凍します。
◆Circosに必要なPerlモジュールのインストール
解凍してできたcircos-0.xxディレクトリ下のbinディレクトリに
チェック用のスクリプトが用意されています。
・必要なPerlモジュール一覧を確認する
$ ./list.modules
・それらのモジュールがインストールされているかどうか確認する
$ ./test.modules
→足りないモジュールをCPANなどでインストールします。
私の環境では、CPANで force install でないとインストールできないモジュールがいくつかありました
また、先にyumでgd-develを入れておかないとGDがインストールできませんでした
◆Circosの実行
circos-0.xxディレクトリ下のexampleディレクトリに移動します。
プログラムについてきたテストデータと設定ファイルで、
Circosを実行してみました。
$ ../bin/circos -conf etc/circos.conf -outputfile mycircos.png
結果画像はPNG形式とSVG形式で出力されます。
実行ディレクトリにmycircos.png、mycircos.svgという名前で
このような画像ファイルが生成されました。
クリックで拡大します
CircosのWebサイトのサンプルページを見ていると、様々な図が
描けるようです。これは使いこなせるようになっておきたいですね。
