皆様こんにちは。detでございます。 私は今週夏休みを頂いておりまして、今は某所の山奥でひっそりと過ごしています。昨日は近くの山を登って、頂上の神社までお参りしてきました。 普段は、人工物に囲まれた生活をしているため、このような自然に囲まれた中…

夏の風物詩の一つと言えば「西瓜わり」ですが、 西瓜に向かっている人に、どのような指示を出しますか？ 「（そこから）まっすぐ前」「ちょっと右」のように 今いる場所からどちらに向かえばいいかを伝えると思います。 「北緯36度東経140度に移動してくださ…

私事ですが、アメリエフに入社してから早くも3週間が経ちました。 入社してからは、弊社のスクール事業で使われている教材を使って、Linux基礎、NGS基礎、R基礎、Perl基礎を学んでいます。それぞれ基礎を押さえながらも実習も豊富なので、短期間で、全体の概…

アメリエフ株式会社は、2013年9月4日（水）〜5日（木）に神戸国際会議場で開催される、「NGS現場の会 第三回研究会」に出展いたします。また、9月4日15:45から企業セッションを行います。皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・NGS現場の会 第三…

暑い夏が続きますが、皆様いかがお過ごしでしょうか。 こう暑い日が続くと心配になるのは熱中症ですね。 人はもちろんペットなども熱中症には要注意です。そして、それ以外にも熱に弱いものがあります。そう、パソコンやサーバーです。 冷房の効いた涼しい部…

hatです。 久しぶりにftpをコマンドラインから使う機会があり 終了コマンドがわからなくて調べたら「bye」でした。 「bye」はかっこいいなあと思いまして、 他のコマンドやプログラミング言語についても 終了コマンドを整理してみました。 exit派 ・Windows…

入社して四か月になり、私も簡単な解析ならできるようになりました。とはいえ、解析中に起きたエラーについて先輩に相談したところ「ちょっとBAMファイルをless（コマンド）で確認してみようか」と言われ、「BAMってバイナリデータでは……？」と狼狽したので…

バイオインフォマティクス・スクールのご案内です。 現在、下記の講座のお申込みを受付けております。 これからLinuxを用いたデータ解析や統計解析パッケージ「R」を短期間で学習したい方におすすめのコースとなります。 ■Linux基礎 浜松町会場 10月開講：10…

新入社員のheshiです。 今夏に、アメリカの大学院で修士課程を修了して日本に帰ってきました。 卒業が決まってからは、旅行したり地元の沖縄に帰ったりしたので、真っ黒に日焼けしてしまいました。 弊社で東南アジア系らしき者を見かけたら、多分それは私で…

tokunagaです。 本日はCELファイルについてお話ししたいと思います。 CELとは、AffymetrixのArrayで出力される遺伝子発現やジェノタイピングデータの含まれたファイルのフォーマットです。 CELファイルには、DATファイル（Affymetrixのスキャナーから出力さ…

マッピング率を計算する時など、BAMファイルから、マッピングされたリード数を取得したい場合があると思います。 samtools idxstatsでもマッピング結果の統計を出すことができるのですが、マルチマッピングのBAMの場合は重複してカウントされてしまうようで…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 変異の絞り込み 【2】変異検出 変異の絞り込み 【3】候補の絞り込み方 前回は、疾患関連変異候補の絞り込みの概要についてご説明しました。 今回の記事では、その絞り込みを実際にはどのように行うのか、ご紹介します。 絞り込…

四次元の冒険 第2版?幾何学・宇宙・想像力 金子 務,竹沢 攻一 説明の素晴らしさに唸る一冊です。 本書には二次元の世界（！）が登場します。 そこには「スクエア氏（机の上に置いた折り紙のような、平べったい 生き物）」をはじめとした、平べったい、知能を…

今日は、次世代シーケンサの解析に用いられるGATKについてお話します。 GATK実行時に「known variants/sites」を指定しなければいけないコマンドが多々あります。 GATKのマニュアルにかかれたコマンド例や、論文を参考にしていましたが、網羅的にまとめてい…