bwaバージョン0.7が去年の2月にリリースされて、
ほぼ1年が経とうとしています。
もう0.7に切り替えた方も多いのではないでしょうか。
bwa 0.7では、memというコマンドが使えるようになりました。
memは従来のbwaswの後継で、ロングリード（〜1Mbp）に使える
コマンドですが、bwaswよりも速度・精度とも向上しているとのことです。
また、ショートリード（70-100bp）に対する精度もよいそうです。
ショートリードはこれまで「fastqごとにaln」→「samse/sampe」で
実行するのが主流で、中間ファイルができたりして面倒くさかったので、
mem一発でやれると便利ですね。
このように素晴らしいmemですが、1点注意があります。
memには-Mというオプションがありますが、bwaの結果を
PicardやGATKで処理する場合は、この-Mオプションを必ずつけて
実行してください。
$ bwa mem -M GENOME.fa 1.FASTQ 2.FASTQ > BAM
何故かと言うと、memはローカルアライメントを行い、
キメラリードを検出することができるようになりました。
キメラリードは、BAMのflagに0x800（supplementary alignment）が
立ちます。
ですが、PicardのMarkDuplicateはこの仕様に対応していないため、
このBAMを入力するとエラーになってしまうのです。
-Mをつけて実行したBAMでは、flagに0x800の代わりに従来の0x100
（secondary alignment）が立つため、Picardで動かすことができます。
試しに、同じデータを-Mありと-Mなしで実行した結果のBAMファイルを
比較したところ、本当にflagだけが1792（0x800=2048、0x100=256、2048-256=1792）違っていました。
キメラリードを検出できるのは良いので、早くPicardが0x800に
対応してくれるといいなあと思っています。
