UCSC Genome Browserの「GRCh38/hg38」にかっこいいトラックを見つけたのでご紹介します。 「RepeatMasker Viz.」というトラックです。 下図の上がRepeatMaskerトラック、下がRepeatMasker Viz.トラックです。 RepeatMasker Viz.はRepeatMaskerを視覚的に表…

ある公開されているexomeデータのfastqファイルをダウンロードして解析しようとしたところ、うまくいきませんでした。 最初は何が何だかわからず困っていたのですが、fastqファイルを確認するとID行の書式がよく見かけるものと違いました。 例として、最初の…

Rで解析をしていると、データフレーム（やマトリクスやベクトル）から、条件を満たすデータだけを抜き出したいことがよくあります。 そんなときはsubset関数を使います。 例として、みんな大好きirisを使います。 > head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Pet…

Rにはデフォルトでもヒートマップを作成するheatmap関数がありますが、私はheatmap関数より多機能なgplotsパッケージのheatmap.2関数をよく使います。 基本的な使い方はheatmap関数と同じです。 gplotsパッケージをインストールしていない場合はインストール…

以前、atコマンドを使うと時間差でコマンドが実行できて便利だという記事（あとはまかせた！）を書きました。 atコマンドはとても便利で普段から活用しているのですが、仕掛けたタスクをとりけしたい場合もあると思います。 そんな時は、「at -l」で仕掛けた…

先週の金曜日は社内研修でした。 今回は、社員が企画を担当しました。 マーケティングチームが「見積もりシミュレーション」や「商品のキャッチフレーズを考えよう」というグループワークを行ったり、新入社員と入社二年目組が「入社後半年の振り返り」や「…

2015年度入社のonouekと申します。 簡単に自己紹介をしたいと思います。 出身は、静岡県の浜松市です。 私は、先月に修士課程を修了しました。 大学院では、行動薬理学を用いて、記憶や情動の研究をしていました。 バイオインフォマティシャンとして一人前に…

2015年2月14日に開催した第41回バイオインフォマティクス勉強会、および21日に開催した第42回バイオインフォマティクス勉強会の「フリーソフトではじめるNGS解析入門〜Exomeシーケンスからクリニカルシーケンスまで〜」の資料を、一部修正して、「公開データ…