ある環境で使用していたとあるBioconductorパッケージを、別の環境でも使うためインストールしようとしたらエラーが出ました。 具体的にはggbioとbiovizBase、他にもhatさんご紹介のReactomePAもダメでした。 エラー文を見てみると、「RSQLite」パッケージの…

パスウェイデータベースReactomeをRから操作できるBioconductorパッケージ、ReactomePAを使ってみました。 インストール > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite("ReactomePA") テスト実行 > library(ReactomePA) > library(DOSE) > dat…

昨年末のホームページリニューアル以来お待たせしておりました事例紹介のページが更新されました。 ソフトウェア開発の実例2件を掲載させていただいております。どちらも実際の開発内容・期間や、解析担当者の感想、開発の流れも簡単に紹介しております。 一…

ヒトゲノム変異に対して一括して公開データベースのアノテーションを 付与する自社開発ソフト「UniAnno」を販売開始いたしました！ ★キャンペーンチラシはこちら 《概要》 UniAnno（Universal Annotation Software）は、 疾患関連変異の探索を効率よく行うた…

GATKは、BAMのフォーマットに厳しく（参照ページ）、たとえばヘッダにサンプル名を含むread groupのリストがあり、かつすべてのリードがそのread groupに属しているBAMしか受け付けません。 Read group（以下RG）は、たとえばBWAではマッピングのときに -R …

以前ビブリオバトルで紹介されていた本を買ったという記事を書きましたが、そういえばその本をご紹介していませんでした。 ヤバい経済学 [増補改訂版] スティーヴン・D・レヴィット/スティーヴン・J・ダブナー (著) 望月衛 (翻訳) 私は経済学については素人…

2月21日に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 （2月14日（土）東京開催の勉強会と同様の内容となります。） 《内容》 ゲノムのシーケンスデータから得られた大量のSNV/Indelを効率よく活用するために、フィルタリング・分類・蓄積する方…

温泉街などに行くと「長生きの心得 10訓」や「夫婦円満の秘訣 20条」などを湯飲みやペナントに書いたものが売られているのを目にすることがあります。 箇条書きなので一見説得力がありますが、良く読むとそれほど実のあることを言っていなかったりして、その…

2015.1.29 ご好評につき、参加希望人数が定員に達したため「キャンセル待ち」とさせていただきます。また、同様の内容で2月21日（土）にも大阪開催が決定いたしましたので、よろしければそちらもご検討ください。 2月14日に開かれるバイオインフォマティクス…

hatです。 仕事や私生活が思うようにいかず自己嫌悪に陥った時は 宇宙について考えることにしています。 宇宙の規模に比べて自分の存在はなんて小さいんだろうと思うことで いろいろなことがどうでもよくなり、気分が晴れ、ご飯もおいしく、 ぐっすり眠れま…