平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。 全社研修による休業のお知らせです。 【休業期間】 2015年6月26日(金）12:00〜18:00 【営業開始】 2015年6月29日(月)より通常営業 お問い合わせにつきましては、6月29…

hatです。 平成27年度NGSハンズオン講習会で使用するPythonの資料を作っています。 人に教えるとなると改めてPythonを基本から学ぶ必要があり、土日もPythonの参考書やCodecademyで勉強している今日この頃です。 根を詰めすぎて逃避したくなったのか、あるい…

短い間ですが、弊社のバイオインフォマティクス・トレーニングのTAを担当させていただいていた時期があります。RのTAをやるなかで、とても便利なのに、初めてRに触れる方が戸惑われることが多いと感じたポイントのひとつに paste 関数があります。今回は pas…

こんにちは、久保（kubor）です。 先日転んだ時に頭を打ったので、それがきっかけで、僕に異常な言動がないかhatさんに確認してもらったのですが、 「打つ前から変わらずに変なことを言ってるよ。」 とのことでした。ひどい。 そんなhatさんが「すら（SRA）…

heatmap関数のRowSideColors/ColSideColorsオプションの紹介です。 gplotsパッケージのheatmap.2やheatmap3パッケージでも同様の機能があります。 ヒートマップのデンドログラムの横に、カラフルなサイドバーを付ける機能です。 テスト用のマトリクスを作り…

この度、弊社は2015年6月8日をもちまして、下記の通り役員の変更がございましたのでお知らせいたします。 今後も、生命科学の課題解決に最適なITソリューションを提供する「プロフェッショナルチーム」としてお客様の研究のお役に立てますよう、役員並びに従…

ChemmineRの紹介連載4回目です。 前回は、ChemmineOBというパッケージを使って化合物のPubChem fingerprintを取得しました。 今回では、そのfingerprintを使って、類似比較・クラスタリング解析を行います。 fingerprintによる類似検索 fpset[1]と類似したも…

前回までで、SDFデータの読み込みと、データのvalidationをご紹介しました。 今回は、読み込んだ化合物のfingerprint/atom pair descriptorを取得する方法です。 SDFsetからfingerprint/atom pair descriptorへの変換には、ChemmineOBという新しいパッケージ…

みなさん、好きなPerlの演算子はなんですか？ 私は、qw演算子が好きです。でも、「1..100と書くと、1から100までの整数を指すアレ」はもっと好きです。 これ（..）の名前を今日初めて知りましたが、「範囲演算子」と言うそうです。 これ（..）に名前があるな…

fastaフォーマットの配列行は、 FastX-toolkitのfasta_formatterを使うと、折り返す長さを変えることができます。お肌の曲がり角もコマンド一発で折り返しなしにできたらいいですね！（ちょっと何言ってるかわからない）

突然ですが、ゾンビが発生したらどうしますか？ 今年3月にアメリカ物理学会で発表されたシミュレーション結果によると、ゾンビが蔓延した時はひと気の少ないところに逃げるのが最も安全だそうです。 「ゾンビサバイバルガイド」でも、都市部は避けるべきだと…

ChemmineRの紹介記事2回目、前回はパッケージのインストールとSDFファイルの取得（読み込み）の方法をご紹介しました。 今回は、取得した読み込んだデータのアクセス方法と、SDFデータの確認方法をご紹介します。 前回は、CIDからgetIds関数で、またはSDFフ…

NCBI SRAからダウンロードしたファイルがsraフォーマットの場合、以下のコマンドでまとめてfastqに変換すると便利です。 $ find . -name '*.sra' -exec fastq-dump {} ¥; fastq-dumpについては NCBI SRA Toolkitの使い方 も、findコマンドについては findの-…

ChemmineRというパッケージの使い方をご紹介します。 オンラインでケモインフォマティクス解析を行えるChemMine ToolsというツールのRパッケージです。 ぱっと見て「けみなー」と読みましたが、もともとのツールがChemMineなので、「けむ・まいなー」と読む…

先日、社内でお昼を食べながら 「どうして遺伝子間領域にあるSNVより遺伝子上にあるSNVを気にするのか」という話をしていて、 渋谷の交差点で刃物を振り回したら大変なことになるけど、大砂漠の真ん中で振り回しても大した害はないでしょ？ とドヤ顔で説明し…

こんにちは、朝ごはんはパン派の久保（kubor）です。 みなさん、Perl書いてますか？ 文字列処理が得意なPerlの使いドコロといえば、FASTQファイルを処理したり、TSVファイルを処理したり、とにかくファイル操作が多いです。 Perlでは、ファイルハンドルの作…

五月になり、GWも終わって、世間の新歓ムードも落ち着いてきました。 自分が学生や新社会人だった頃を思い返すと、この時期はお酒を飲んでいろいろなもの（暴言や未消化の食物）を口から出していた思い出ばかりです。 そのような記憶を胆汁の味とともに苦々…

こんにちは、根は真面目な、久保（kubor）です。 みなさん、Vim使ってますか？ vimでファイルを編集し終わって、よし、保存しようと思い、 :w E45: 'readonly' オプションが設定されています (! を追加で上書き) 「ああああ、sudo vimしてない」てなことが結…

先日ご案内いたしました5月20日の講習会では、仮想環境を 事前インストールしていただくことでLinuxを体験しながら 受講することができます！ 環境構築に当たりまして、インストールの詳細な手順を記載している資料を補足情報としてご案内いたします。 こち…

5月20日に開かれるバイオインフォマティクス講習会のご案内です。 《内容》 アメリエフで提供している「トレーニング」をたくさんの方に知っていただくため、トレーニングを体験できる講習会を企画いたしました。 お手持ちのPC（Mac / Linux）でNGS 解析を始…

UCSC Genome Browserの「GRCh38/hg38」にかっこいいトラックを見つけたのでご紹介します。 「RepeatMasker Viz.」というトラックです。 下図の上がRepeatMaskerトラック、下がRepeatMasker Viz.トラックです。 RepeatMasker Viz.はRepeatMaskerを視覚的に表…

ある公開されているexomeデータのfastqファイルをダウンロードして解析しようとしたところ、うまくいきませんでした。 最初は何が何だかわからず困っていたのですが、fastqファイルを確認するとID行の書式がよく見かけるものと違いました。 例として、最初の…

Rで解析をしていると、データフレーム（やマトリクスやベクトル）から、条件を満たすデータだけを抜き出したいことがよくあります。 そんなときはsubset関数を使います。 例として、みんな大好きirisを使います。 > head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Pet…

Rにはデフォルトでもヒートマップを作成するheatmap関数がありますが、私はheatmap関数より多機能なgplotsパッケージのheatmap.2関数をよく使います。 基本的な使い方はheatmap関数と同じです。 gplotsパッケージをインストールしていない場合はインストール…

以前、atコマンドを使うと時間差でコマンドが実行できて便利だという記事（あとはまかせた！）を書きました。 atコマンドはとても便利で普段から活用しているのですが、仕掛けたタスクをとりけしたい場合もあると思います。 そんな時は、「at -l」で仕掛けた…

先週の金曜日は社内研修でした。 今回は、社員が企画を担当しました。 マーケティングチームが「見積もりシミュレーション」や「商品のキャッチフレーズを考えよう」というグループワークを行ったり、新入社員と入社二年目組が「入社後半年の振り返り」や「…

2015年度入社のonouekと申します。 簡単に自己紹介をしたいと思います。 出身は、静岡県の浜松市です。 私は、先月に修士課程を修了しました。 大学院では、行動薬理学を用いて、記憶や情動の研究をしていました。 バイオインフォマティシャンとして一人前に…

2015年2月14日に開催した第41回バイオインフォマティクス勉強会、および21日に開催した第42回バイオインフォマティクス勉強会の「フリーソフトではじめるNGS解析入門〜Exomeシーケンスからクリニカルシーケンスまで〜」の資料を、一部修正して、「公開データ…

東京に開花予想が出た頃、お花見メタゲノムプロジェクトの採取キットが届きました！ 個人で参加するので解析まではお手伝いできないかもしれませんが、これを機にメタゲノム解析について少しでも勉強できればいいなと思っています。 サンプルの採取場所は、…

冷え性の私は、春が来て暖かくなって過ごしやすくなったとのんきに浮かれていますが、花粉症のひとは苦しそうです。と、他人事のように言っていますが、実は私も目がかゆいです。 とまあ良いことばかりじゃありませんが、やはり春の訪れは気分が浮き立ちます…