これまでに、eigenstratに必要なファイルに関して記述致しました。
本日は、いよいよ主成分分析です。
使用するファイルを記述します。
example.geno
example.ind
example.snp
smartpca.perl -i example.geno -a example.snp -b example.ind -k 2 -o example.pca -p example.plot -e example.eval -l example.log
入力
-i example.geno を入力する
-a example.snp を入力する
-b example.ind を入力する
出力
-k 出力する主成分(principal components)の数。
-o 主成分の出力ファイル
-p トップ二つの主成分を用いたプロットファイル
-e 全ての固有値を算出したファイル
-l ログファイル
主成分分析の結果がexample.pca.evecに算出されました!