Rでgrep
続・Rでgrep
grepのこんなオプション
grepを数えるオプション
普段解析でよく使うコマンドのためか、このブログはgrepネタが多い気がします。
ということでまたgrepネタです。
grepで特定の文字列を含む行を抜き出す場合、文字列を¥|でつなげることで「OR」にすることができます。
例：「ABC」または「DEF」を含む行を抜き出す
$ grep 'ABC¥|DEF' ファイル
例：SAMファイルから「ヘッダー行」または「XT:A:U」を含む行を抜き出す
$ grep '^@¥|XT:A:U' SAM | samtools view -Sb - > BAM
複数のgrepコマンドをパイプでつないで「AND」にするのはよくやっていたのですが、「OR」ができることは今日ふと気になって調べて初めて知りました！
