アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

解析の専門家に実験的知識を添えて【シングルセル RNA-Seq】

アメリエフでは様々なNGSデータの受託解析を行っております
その中でも新しい分野である、シングルセル RNAシーケンス(single cell RNA sequence)の分野では、
データ解析以前に、サンプルのとりかたやライブラリ調整の方針においても
お客様にとって判断に迷うことが多いと感じられます。

👩「細胞の質がどれほどデータに影響するの?」
👨「細胞サンプルに、調べたい細胞と他の細胞がまざっているけれど、そのままでいいの?」

そこで、ライブラリ調整までに関するご相談にも、より確実にお応えできるよう、
株式会社スクラム様にお邪魔して
Chromiumを用いたシングルセル RNA-Seqのライブラリ調整のトレーニングを受講しました!

トレーニングではまず、Chromium の原理と、実験の流れを教えていただきました。
続いて、Chromium のトレーニング用試薬(市販のChromiumにも同梱されている)を使用して、ライブラリ調整のwet操作を体験しました。

手を動かす実験ならではの、気を遣いつつも急がねばならない緊迫感を味わいました。

実験操作をしてみることで、ライブラリ調整のどこで失敗しがちなのか、影響がデータにどう表れるか、理解することができました。
今後も、お客様に様々な視点から解析方法をご提案して参ります!

体験レポート

前半:実験の流れ

Chromium の原理と、実験の流れを教えていただきました。

データの質を上げるために重要なポイントは 次の二つです。

  1. 細胞の採取〜細胞懸濁液の調整
    細胞の生存率が80%以上、細胞懸濁液の中で細胞が一つひとつ単離されていると良いのだそうです。

  2. cDNA化までのスピード
    RNAは分解されやすいので、逆転写までの手際の良さも重要です。

後半:ライブラリ調整の体験

トレーニング試薬を使用して、ライブラリ調整のwet操作をしました。

細胞懸濁液(というフリの液体)と試薬を、ライブラリ調整のためのチップに注いでいきます。

f:id:Fuku-I:20190203230048j:plain:w400
真剣に作業。マイクロピペットに触るのは中学生以来なのでそろそろと。

細胞と試薬を注いだチップを、 Chromium の機械にセットします。
機械のなかで、油滴の中に細胞が包まれた、シングルセルのドロップレットの入った液体(エマルジョン)がつくられます。

f:id:Fuku-I:20190203230454j:plain:w400
Chromium. この中で細胞+試薬からシングルセルのドロップレットを作製します。

うまく調整できたのか...ドキドキしながら待つこと10分弱。

f:id:Fuku-I:20190203233635j:plain:w400
ドロップレットの入った液体をそーっと取ります。チップを立てる銀のケースもカッコイイんです

液体をとって、見た目をチェック... (分離していなければOK)
経験者はもちろん、ピペット操作の経験がほとんどない社員でも、無事きれいなエマルジョンを作製することができました!

次は逆転写(RNAのcDNA化)を行います。ここまでの反応は、ドロップレットのなかでひと細胞ごとに行われます。

トレーニングでは、ここまで作業させていただきました。
以降はDNAの精製を経て、シーケンス用のアダプター付加などの行程が続きます。


アメリエフのシングルセルRNA-Seq解析受託はこちら

シングルセルRNA-seq解析 | amelieff

その他、高次解析のご相談も、お問い合わせくださいませ。