こんにちは
みなさんは5月の大型連休はいかがお過ごしになったでしょうか．
COVID-19で大変な時期ですが，インドア派の私は宅配ピザを食べてはゲームをする
という引きこもり自粛生活を送っていました．

今回はAnacondaによる解析環境構築実践編です．

前回の記事では「Anacondaを用いた解析環境構築」について書きました．
staffblog.amelieff.jp
今回は前回の記事を踏まえて．具体的な環境を実際に構築してみよう！という趣旨でやっていきたいと思います．
※前回と重複することが多々あると思いますが，ご容赦ください．

インストールツールと作業環境

今回は例として，
超有名どころのバイオインフォツールを使ったResequencing解析環境を構築していこうと思います．

インストールするツールたちはこちら↓
- クオリティチェック（FastQC ver. 0.11.8）
- クオリティコントロール（Trimmomatic ver. 0.38）
- マッピング(BWA ver. 0.7.17)
- bamファイルソート（Samtools ver. 1.7）
- 変異検出（GATK ver. 3.8）
- アノテーション（snpEff ver. 4.3）

今回の以下の作業環境で行います．また全てホームディレクトリで作業します．
- macOS 10.15.4
- pyenv 1.2.18
- anconda3-5.1.0（pyenvによってインストール済）

環境構築用のYAMLファイルを作成する

まず，Resequencing解析環境構築のためのYAMLファイル（reseq.yml）をvimで作成していきます．

vim reseq.yml

'
name: 'reseq'
channels:
  - r
  - bioconda
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - python=3.6
  - bwa=0.7.17
  - fastqc=0.11.8
  - gatk=3.8
  - samtools
  - snpeff=4.3
  - trimmomatic=0.38
'

ちなみに，channel はツールを登録する場所（Biocondaはバイオ系の解析ツールが多数登録されている）です．
anacondaはchannelからインストールするツールを探してきてくれます．
なので，channel に登録されていないツールはインストールすることができません．
Linuxを使う方は，yum やaptでいうリポジトリをイメージするとわかりやすいと思います．

環境構築！

YAMLファイルができたら，Resequencing解析環境を構築をします．
conda env create -f reseq.yml
上記コマンド実行後，reseq.ymlに書いてあるパッケージとその依存ツール・ライブラリの情報を集めてインストールしてくれます．
下記表示がでたら一応成功です．

<略>
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate reseq
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

動作確認の必要がありますが，今回はYAMLを使ってパッケージをインストールすることが主眼なので割愛します
（なお，gatkはgatk-register /path/to/your/tarball と打つ必要があります．）