hatです。 久しぶりにftpをコマンドラインから使う機会があり 終了コマンドがわからなくて調べたら「bye」でした。 「bye」はかっこいいなあと思いまして、 他のコマンドやプログラミング言語についても 終了コマンドを整理してみました。 exit派 ・Windows…

入社して四か月になり、私も簡単な解析ならできるようになりました。とはいえ、解析中に起きたエラーについて先輩に相談したところ「ちょっとBAMファイルをless（コマンド）で確認してみようか」と言われ、「BAMってバイナリデータでは……？」と狼狽したので…

バイオインフォマティクス・スクールのご案内です。 現在、下記の講座のお申込みを受付けております。 これからLinuxを用いたデータ解析や統計解析パッケージ「R」を短期間で学習したい方におすすめのコースとなります。 ■Linux基礎 浜松町会場 10月開講：10…

新入社員のheshiです。 今夏に、アメリカの大学院で修士課程を修了して日本に帰ってきました。 卒業が決まってからは、旅行したり地元の沖縄に帰ったりしたので、真っ黒に日焼けしてしまいました。 弊社で東南アジア系らしき者を見かけたら、多分それは私で…

tokunagaです。 本日はCELファイルについてお話ししたいと思います。 CELとは、AffymetrixのArrayで出力される遺伝子発現やジェノタイピングデータの含まれたファイルのフォーマットです。 CELファイルには、DATファイル（Affymetrixのスキャナーから出力さ…

マッピング率を計算する時など、BAMファイルから、マッピングされたリード数を取得したい場合があると思います。 samtools idxstatsでもマッピング結果の統計を出すことができるのですが、マルチマッピングのBAMの場合は重複してカウントされてしまうようで…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 変異の絞り込み 【2】変異検出 変異の絞り込み 【3】候補の絞り込み方 前回は、疾患関連変異候補の絞り込みの概要についてご説明しました。 今回の記事では、その絞り込みを実際にはどのように行うのか、ご紹介します。 絞り込…

四次元の冒険 第2版?幾何学・宇宙・想像力 金子 務,竹沢 攻一 説明の素晴らしさに唸る一冊です。 本書には二次元の世界（！）が登場します。 そこには「スクエア氏（机の上に置いた折り紙のような、平べったい 生き物）」をはじめとした、平べったい、知能を…

今日は、次世代シーケンサの解析に用いられるGATKについてお話します。 GATK実行時に「known variants/sites」を指定しなければいけないコマンドが多々あります。 GATKのマニュアルにかかれたコマンド例や、論文を参考にしていましたが、網羅的にまとめてい…

7月1日はアメリエフの設立四周年記念日でした！ 土用の日も近いということからか、弊社では、設立記念日前後の社員が集まれる日にウナギを食べる習慣があります。 ということで、今年もうな重の出前をを取ってみんなでいただきました。 ごちそうさまでした。

シーケンシングデータをFastQCなどでチェックしていると アダプタ配列が混入しているのを見つけることがあります。 アダプタ除去ソフトウェアはいろいろありますが 今回は以下の3ソフトウェアの使い方をご紹介します。 cutadapt FastX-Toolkit（fastxclipper…

統計の検定手法にはいろいろありますが、 「こういう場合は××検定を使うのが良い」と言われているものを そのまま使っている方が意外と多いのではないでしょうか （私もそうです）。 もっと統計への理解を深めたいと思って本屋さんに行ったところ、 生物統計…

最も広く利用されているマッピングソフトの一つにbwaがあります。bwaは2011年にリリースされたバージョン0.6が広く使用されてきましたが、今年の2月末にバージョン0.7がリリースされました。0.7ではBWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの、三種類のアルゴリズム…

6月23〜28日に開催されたBioHackathon2013に参加してきました。 初日のシンポジウム＠スカイツリーでは、日本SGI様と共同で ドリンクコーナーのスポンサーをさせていただきました。 二日目以降はライフサイエンス統合DBセンターで、 ひたすらハッキングしま…

第24回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 昨年12月に東京で好評だった「SNPデータ解析入門」を神戸会場にて開催いたします。 タイリングアレイ（Microarray）や次世代シーケンサー（NGS）により得られたSNPタイピング情報から、GWAS解析や連鎖解…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 変異の絞り込み 【2】変異検出 前回は、LCA患者とその両親のトリオのfastqデータをダウンロードし、変異検出まで行いました。 今回は、主題である疾患関連変異候補の絞り込みについてお話します。 絞り込みの流れは、以下の通…

ライフサイエンスを学ぶ学生(学部生・修士課程)の方を対象に、バイオインフォマティシャン養成プログラムを開催いたします。 必修科目では、バイオインフォマティクスの基本となるLinux操作や、プログラミング言語perlを用いた簡単なプログラミングを学びま…

6/20（木）・21（金）、浜松町会場にてバイオインフォマティクス・スクール「R基礎バイオ統計」を開講しました。 統計解析パッケージ「R」を用いて初めて解析を行う方を対象に、Rを使うメリット、基本コマンドからマイクロアレイ解析など実践的な解析手法ま…

マッピングソフトウェアの性能比較をする際に、 正解がわかっているデータを使いたい場合があります。 そんな時に便利な、ゲノム配列からFastqファイルを作成できる ArtificialFastqGeneratorというソフトウェアをご紹介します。 例えばヒトゲノムhg19から15…

サーバー間で、データをやり取りするときによく使用するコマンドにscpがあります。 便利なコマンドなので、私も良く利用するのですが、コピーしている途中で転送速度が急激に低下し stalled という表記と共に、コピーがストップすることがあります。 原因と…

akbです。 いつもブログをご覧いただきましてありがとうございます。 さて、右脇のバナーが新しくなったことにお気づきでしょうか。 プライマー設計受託サービスです。 大量設計にも対応しておりますので、プライマーの設計にお困りの方は、ぜひご検討くださ…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 前回は、exome sequencingによりある家系においてレーバー先天黒内障（LCA）を引き起こしている原因変異を特定した論文についてご紹介しました。 今回は、その論文で使用されたデータから、変異検出を行った結果についてご紹介…

あまり梅雨らしくないこの6月、いかがお過ごしでしょうか。 今年も「あっ、数日前から明けてました」と後付けで梅雨明け宣言されて、なし崩し的に夏になる予感がしています。 私は四季の中で夏が一番好きなので、夏に向かいつつあるこの時期は毎年とてもわく…

今回は、次世代シーケンサーを用いて検出した変異の絞り込み解析の具体例についてご紹介したいと思います。 次世代シーケンサーを用いた解析の難点のひとつに、多数の変異が検出されるため、目的の疾患に関連した遺伝子の探索が困難であることが挙げられます…

Dear Customer, We would like to inform you about our new English page at our website. Amelieff is working on bioinformatics business and research support. Our vision is to enable the field of bioinformatics to achieve an improved level of …

6/6（木）・7（金）、浜松町会場にてバイオインフォマティクス・スクール 「Linux基礎」を開講しました。 Linux初心者の方を対象に、Linuxを使うメリット、基本コマンド、 ソフトウェアのインストールなどを実習を交えて学んでいただきました。 受講生の方た…

お久しぶりです。きむです。 突然ですが、今日のGoogle Doodleご覧になりましたか？ Doodleとはいたずら書きのことで、グーグルの検索ページでGoogleロゴが、お祝いの日やイベントによって変わるという遊び心いっぱいのしかけです。 今日は「ユリウス・リヒ…

「入力行をランダムに並び替えて出力する」 shufというコマンドがあることを知りました。 早速試してみました。 こんなファイルを作りました。 $ more urashima.txt むかしむかし うらしまは たすけたかめに つれられて りゅうぐうじょうへ きてみれば えに…

Linuxで作業をしていると、ファイルの改行コードやタブがどこに含まれているかを確認したい時があります。 そのような時に、私は od -c コマンドをよく使います。 例えば、以下のようなファイル hoge があったとしましょう。 $ less hoge hoge moge moge piy…

アメリエフ株式会社は、2013年5月21日（火）〜23日（木）に学術総合センター 一橋講堂で開催される、「第10回 国際ゲノム会議」に出展いたします。皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・第10回 国際ゲノム会議 ホームページ：http://gt164.jpn.o…