この度は Linux基礎(6月6日〜7日)、R基礎バイオ統計(6月20日〜21日)に多数のお申込みをいただきありがとうございます。 上記の講習につきまして、開講が決定致しましたことをお知らせいたします。 お申込みいただいた皆様へ、順次シラバスを発送いたしますの…

ShellスクリプトとPerlスクリプトを書く機会が同じくらいあるので、 しばしば文法が混乱します。 面倒くさいのが、Shellでやろうと思って書きかけた処理を 途中で「やっぱりPerlにしよう」とPerlに書き直すときで、 変数が最初に出てきたときから頭に「$」が…

平素はアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。 明日5月17日(金)は、全社員研修のため営業をお休みをさせていただきます。 ご不便をおかけ致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願いいたします。

こんにちは。高校以来、数学というものが苦手なkuboです。 大学にいた頃、実験をしてデータを得ると、データが信頼に値するかどうか、「統計」を使って調べてきました。 しかし、計算ソフトで何をどのようにすれば求められる、というのは覚えたのですが、「…

Plos Oneに出ていたExome家系解析の論文をご紹介します。 Wu CC, Lin YH, Lu YC, Chen PJ, Yang WS, Hsu CJ, Chen PL. Application of massively parallel sequencing to genetic diagnosis in multiplex families with idiopathic sensorineural hearing im…

kuboです。 今回は書籍の紹介です。 過去にもdetさんが紹介記事を書かれたことがあるようですが、私もこの本を読んだので紹介させていただきます。 入社１年目の教科書 ／岩瀬 大輔 「まだ学生気分が抜けない」 新社会人がよく言われる言葉のようです。「学…

イシューからはじめよ―知的生産の「シンプルな本質」 安宅和人 会社を運営していく上では、様々な経営戦略上の難しい問題が発生します。そのような簡単には解けない問題をどのように解決すればいいのか。その方法論について明快に著したのがこの本になります…

GC含量は、ある塩基配列におけるグアニン（G）・シトシン（C）の割合です。 ゲノムが異なるとGC含量も異なるため、メタゲノム解析で種を区別するのに使ったりするそうです。 ところで、日本全国で多い苗字をご存知でしょうか。 一位は佐藤さん、二位は鈴木さ…

バイオインフォマティクス・スクールのご案内です。 現在、下記の講座のお申込みを受付けております。 短期間で学習したい方におすすめのコースとなります。 ■Linux基礎 浜松町会場 6月開講：6月6日（木）〜7日（金） 申込締め切り：5月16日（木） 神戸会場 …

アメリエフ株式会社は本日より3日間、「第116回 日本小児科学会学術集会」にブースを出展しております。 会場へお越しの際は、ぜひブースへお立ち寄りください。

家系解析でもがん解析でも、原因遺伝子候補を絞り込んだ後のアノテーションが重要になります。 アノテーション方法の一つに、変異があった遺伝子がどのようなパスウェイ上にあるかを調べるパスウェイ解析があります。 今回、オープンソースのソフトウェアと…

入社して2週間が経とうとしているkuboです。 NGS解析についても、解析に用いるツールやプログラムについても、わからなことだらけであっぷあっぷしています。 NGS解析といえば、お世話になった大学院で、微生物のNGS解析をされている先輩がいました。 院生だ…

アメリエフ株式会社は、2013年4月19日（金）〜21日（日）に広島国際会議場で開催される、「第116回 日本小児科学会学術集会」に出展いたします。 皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・第116回 日本小児科学会学術集会 ホームページ：http://www…

だいぶ暖かくなってきましたが、皆様いかがお過ごしでしょうか。 私は最近コーヒーをよく飲むようになりました。花粉症の薬の副作用である眠気を、カフェインで吹き飛ばすためです。実際によく効きます。 ここ数日は毎日コーヒーを飲まないと落ち着かなくな…

ソフトウェア結果比較【BAMソート編・1】のつづきです。 前回、同じBAMをsamtools sortとSortSam.jar(picard)でソートしたところ、結果のBAMが異なりました。 異なる箇所を調べるため、まず結果BAMをsamtools view -hでSAMに変換しました。 【samtools sort…

先週、新入社員のkuboさんの歓迎会を近くの焼き鳥屋さんでやりました。 kuboさんが「ギャル」の話をしていたので、「ニワトリ？ギャルギャル？」と言ったら社長に「ニワトリの学名はガルス ガルスだよ」と言われました。 ずっと「ギャルギャル」と読むんだと…

2013年度入社のkuboです。 先月大学院の修士課程を修了し、愛知県から上京してまいりました。 これまで、植物の膜タンパク質について研究していました。 遺伝子、それも動物の遺伝子にはあまり触れたことがなく、入社して早速これから勉強することの多さに愕…

tokunagaです。 ご無沙汰しております。 東京のオフィスから離れ、 年明けから関西事業所の社員1号となりました。 本社から離れた地にいるにも関わらず、 最近、色んな方々から弊社のブログを見ているとの声を よく耳にいたしました。 非常にうれしい限りで…

NGS解析では、同じ処理を行うのにいくつものソフトウェアがあって、どれを使ったらいいのか迷うことがあります。 例えばBAMファイルをゲノムポジションでソートする場合、以下の選択肢があります。 1. samtools sortを使う 2. picard toolsのSortSam.jarを使…

自宅のMacBookにUbuntuを入れてみました。 既存のOSXを再インストールする必要もなく、あっけないくらい簡単でした。 手こずったのは最初家のWifiを認識しなかったことくらいですが、有線LANにつないでapt-getでアップデートしたらつながるようになりました…

本日は、文献管理ソフトの一つであるMendeleyを簡単にご紹介したいと思います。 最近、論文を読む機会が増えてきたので論文管理ソフトを探していました。論文管理ソフトと言えばEndNoteが有名ですが、値段が高いことがネックです。そこで、フリーの論文管理…

第22回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回の勉強会は下記の2部構成で開講させていただきます。 第一部：「はじめてのLinux」 第二部：「Exomeデータ解析入門＠東京」 第一部はLinuxの超入門編です。基本的なコマンド操作の方法をご紹介いた…

linuxには、処理中の一時ファイルを出力する/tmpや/var/tmpというディレクトリがあります。 巨大ファイルのソートなど、一時ファイルを大量に出力する処理では、/tmpディレクトリの空き容量が足りないと処理が止まります。 そんな時の解決策をまとめてみまし…

寒い冬から暖かい春にそろそろ移り変わろうとしていますが、皆様はいかがお過ごしでしょうか。 春といえば、花見、歓送迎会、新しい出会いなどいろんな言葉が思い浮かびますが、私のなかで最も比重が大きい言葉は花粉症です。 私は小学生の頃から花粉症を患…

hatです。 先週末、外部の方にいらしていただいて、社内研修を受けました。 テーマは「お互いをもっと良く知って、一体感のあるチームになろう！」 診断テストやいくつかのワークを通して 考え方のくせや価値観が明確になりました。 私の考え方のくせは「右…

第21回バイオインフォマティクス勉強会「バイオ研究者のためのR活用講座」はお申込みが定員に達しましたのでキャンセル待ちとさせていただいております。 たくさんのお申込み、ありがとうございました！

アメリエフ株式会社は、2013年3月15日（金）〜17日（日）にパシフィコ横浜で開催される、「第77回 日本循環器学会学術集会」に出展いたします。 皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・第77回 日本循環器学会学術集会 ホームページ：http://www2.…

既にアナウンスさせていただいておりますが、 3/23（土）に第21回バイオインフォマティクス勉強会「バイオ研究者のためのR活用講座」を開催いたします。 たくさんの方にお申し込みをいただきありがとうございました。 空席残り僅かですので、ご検討中の方は…

本日は、弊社が slide share に新しく公開した「次世代シーケンス解析サーバー Reseq解析GUIマニュアル」をご紹介いたします。 この資料は、弊社で販売しております次世代シーケンスデータ解析サーバーのマニュアルの一部です。 Linux上であってもWindowsと…

突然ですが、あなたはSEです。次のような時、どうしますか？ ・A、Bというプログラムがある。 ・Aは3時間、Bは6時間かかる。 ・Bは、Aが完全に終わらないと開始できない。 ・明日の昼までにBを終わらせる必要がある。 ・Aは現在実行中で、あと2時間はかかる…