こんにちは。detです。
今日はGalaxyを用いたQCについてご紹介いたします。
これまで、このブログで「QCの道」というタイトルでFASTX-Toolkitの使い方をご紹介してきました。
今回は、このQC機能をGalaxy上で実行しつつ、Galaxyの基本的な使い方を紹介したいと思います。
それでは、まずGalaxyのパブリックページを開きましょう。
上記のようなページが開いたら、まずは右上の[user]をクリックして、登録を選択します。
上記のようなページが開きますのでユーザー登録しましょう。
ユーザー登録が終わったら、左パネルの一番上にある、Get Data の中の Upload File を選択します。すると、真ん中の画面に上記のようなページが出現します。今回はfastq 形式のデータをQCしますので、File Formatには、fastqsangerを選択してください。次に[ファイルを選択]をクリックして、処理したいfastqファイルを選択します。選択できたら、下の方にある、青い[Execute]ボタンをクリックします。
すると、上記のように、右パネルにデータがアップロードされます。
次に、左パネルに沢山あるメニューの中から、NGS: QC and manipulation
という項目をクリックします。するとさらにメニューが表示されますので、その中から、GENERIC FASTQ MANIPULATION の FASTQ Trimmer を選択します。
すると、上記のようなページが現れます。
これは、以前の記事でご紹介した FASTX-Toolkit の fastx_trimmer とほぼ同じ機能を持ちます。指定した塩基の数だけ、末端からトリミングされます。では、上記のように、ファイルと、Offsetの数値を指定して、Execute してみましょう。
すると、上記のように右パネルに処理後のデータを示す項目が出現します。ファイル名すぐ横の目玉マークをクリックすると、下の図のように、トリミングされた結果が表示されます。
また、左下のフロッピーアイコンをクリックすると処理後のデータをダウンロードできます。
Galaxyは基本的には以上の操作を繰り返すことでグラフィカルに処理を行うことができます。
今日はこのくらいで。detでした。
