RNA-seqデータを高速にマッピングするソフトウェアSTARについて
ご紹介します。
A. Dobin et al, Bioinformatics 2012;
doi: 10.1093/bioinformatics/bts635
"STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner"
◆STARのインストール
$ wget http://STAR.googlecode.com/files/STAR_2.3.0e.Linux_x86_64.tgz
$ tar zxvf STAR_2.3.0e.Linux_x86_64.tgz
◆ゲノムのダウンロード
$ wget ftp://ftp2.cshl.edu/gingeraslab/tracks/STARrelease/STARgenomes/hg19_Gencode19.tgz
$ tar zxvf hg19_Gencode19.tgz
◆STAR実行
$ STAR --genomeDir hg19_Gencode19 --readFilesIn FASTQ1 FASTQ2 --runThreadsN 3
ヒトRNA-seqデータ（※１）をTophat（※２）でマッピングした結果と
比較してみました。
