こんにちは。
今回はバイオインフォマティクス・トレーニングで質問をいただいた、データベースについてのお話です。
16S rDNA メタゲノム解析のtaxon分類において、
Qiime2でダウンロードできるデータベースには SILVAとGreengenesがあります。
含まれるリボソームRNAの領域と、生物ドメインが異なります。
SILVAのほうが広い範囲をカバーしています。
腸内細菌叢 のデータ解析であれば、どちらを利用しても差し支えなさそうです。
SILVA
スモールサブユニット(16S/18S)・ラージサブユニット(23S/28S)のrRNA配列 を保有する。
生物種は細菌・古細菌・真核生物の３ドメインにわたる。
真菌やカビを解析するにはこちらの方がお勧めできそうです。 https://www.arb-silva.de/ https://www.arb-silva.de/
Greengenes
16S rRNA配列。
生物種は細菌と古細菌を含む。
http://greengenes.lbl.gov/
参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC1489311/
