昨日は、eigenstratに必要なファイルとその形式を記述致しました。 本日は、それらのファイルをeigenstrat用に変換する方法を記述します。 よろしくお願いします。 ここでeigenstratに必要なファイルを再度下記に記します。 ・pedファイル ・pedindファイル …

本日は、eigenstratに必要なファイルを紹介させていただきます。 eigenstratでは、下記の3つのファイルが必要となります。 ・pedファイル ・pedindファイル ・pedsnpファイル pedファイルの形式は、plinkやmerlinのものとほとんど一緒です。 1列目： Family …

10/1(土)の第10回バイオインフォマティクス勉強会「SNPデータ解析入門」に、多くの皆さまからお申し込みをいただきありがとうございました。 定員24名いっぱいとなりましたので、募集を締め切らせていただきます。 多数のお申し込みをいただき、誠にありがと…

本日は、ゲノム情報から主成分分析を行うソフトeigenstratを紹介させていただきます。 よろしくお願いします。 Eigenstratは、主成分解析法をもちいて集団の構造化を解析し、関連検定の結果を補正するソフトウェアツールです。 ダウンロードはコチラから ま…

光より速いニュートリノ この見出しを見た時、衝撃的でした。 原因が特定できず、詳細は不明ですが、これから世界中がこの話題一色になるのではないでしょうか？（もちろん反論も含め） 知人の言葉を思い出しました。 「データに勝るものはない。」 私もそう…

本日は、10月より開講を予定しておりますバイオインフォマティクス・スクールの内容について、社内ミーティングを行いました。 お客様が何を一番知りたがってて、どういう風にストーリー展開すれば効率的か！！と白熱した議論を交わしました。 身内的な話に…

台風15号が上陸します。 そこで、弊社でも大事をとり、緊急帰宅となりました。 傘の意味はあるのか？というほどの豪雨です。 電車が止まる前に帰宅します！ ちなみに今回の台風の名前は、Roke（ロウキー）です。 毎回、チェックしています。

本日も気になる記事を御紹介します。 高血圧症の成因に関与する遺伝子を解明 4タイプの人種、計約27万人のサンプルを用いて、SNPと血圧の関係を解析したそうです。 特に“ATP2B1”という遺伝子は、血圧に関係する確立がとても高く、今回は、人種に差があるもの…

本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールに関する追加情報を記述させていただきます。 よろしくお願いします。 先日、弊社のHPおよびブログにてバイオインフォマティクス・スクールに関する記事を掲載させていただきました（HPはコチラ…

昨日に引き続き、気になる記事を記述します。 失明疾患の原因遺伝子特定 九州大学では、失明患者および健常者計2万人の遺伝子から、ゲノム解析を行い、失明疾患の原因遺伝子を特定したとのことです。 昨日も記述しましたが、次世代シーケンサーと解析技術の…

本日の日経産業新聞に“ITが導く医の進化論”という見出しがあり、次世代シーケンサーによる医学への貢献について特集されています。 記事には、主に下記の3つについて記載されています。 ・ここ8年で次世代シーケンスに要するコスト、時間の著しい変動をグラ…

これまでにMerlinに必要なInputファイル形式に関して記述して参りました。 本日は、Merlinを用いてパラメトリック解析を行いたいと思います。 よろしくお願いします。 今回は、Merlinの“exampleフォルダ”内に付属しています ・parametric.ped ・parametric.d…

先日、連鎖解析ツールソフトMerlinのInput ファイルの一つであるpedファイルに関して記述致しました（詳細はコチラ）。 本日は、datファイルとmapファイルのファイル形式を記述致します。 ■datファイル（Describing the pedigree file） datファイルは、ped…

先日、連鎖解析の為のフリーツールソフトMerlinについて記述致しました (こちらに関する記事はコチラ)。 MerlinではInput ファイルとしてpedファイル、datファイル、mapファイルが必要です。 本日は、pedファイルのファイル形式を記述致します。 ■pedファイ…

これから幕張メッセで開催されております分析展2011科学機器展2011に向かいます。 詳細はコチラ。 9/7(水) - 9/9(金)の3日間開催されております。 分析展2011科学機器展2011は、分析展2011と科学機器展2011の合同展示会です。 実は、私が学生時代に開発した…

先日、連鎖解析の為のフリーツールソフトが紹介されているサイトを御紹介させていただきました（参照）。 本日は、その中からMerlinというソフトを紹介させていただきます。 よろしくお願いします。 Merlinは、家系データを用いてパラメトリック解析、ノンパ…

本日も気になるニュースを御紹介します。 東大グループ、有機合成物質から人工細胞を構築 上記は、細胞を“生体”からではなく、“物質”から人工的に作成したという記事です。学生時代に、少々細胞を取り扱っていたこともあり、この様なニュースはとても気にな…

アメリエフでは、原則偶数月にバイオインフォマティクス勉強会を開催してきましたが、実践にすぐに「使える」ようになるには、座学ではどうしても限界があります。 バイオインフォマティクスは実践を通して訓練することで身に付くという前提にたち、体系的に…

新入社員（新卒）募集のお知らせ アメリエフ株式会社では、2012年3月卒業もしくは、既卒2年以内の方を正社員として募集します。 【募集要項】 対象：生物学・医学・薬学などのバイオ系大学および大学院(修士・博士)を2012年3月に卒業する予定の方、もしくは…

10月1日(土)に開かれる第10回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回のテーマは、「SNPデータ解析入門」です。 タイリングアレイ（Microarray）や次世代シーケンサー（NGS）により得られたSNPタイピング情報から、GWAS解析や連鎖解析などの遺伝…

本日も気になる記事を紹介させていただきます。よろしくお願いします。 広島大学で、鬱病診断の指標を血液検査で行うという報告がなされました。 詳細はコチラ。 より詳細はコチラ。 鬱病という病気は、気持ちの病気であることから、見える形として表れにく…