tokunagaです。 本格的な暑さになってまいりましたね。 外でお弁当を食べただけなのに顔が真っ赤になりました。 東京の夏は暑いと噂に聞いておりますので、暑さに少し抵抗のある九州出身とはいえ、夏バテには気をつけたいと思います。 夏バテしないためには…

なぜ、あの部門は「残業なし」で「好成績」なのか? 6時に帰る チーム術 小室 淑恵 akbです。 本日は最近読んだ書籍のご紹介です。 筆者の小室淑恵さんは、大手メーカー企業を退職後、(株)ワーク・ライフバランスを設立され、現在までに600社以上のコンサルテ…

こんにちは。detです。 以前から料理を作るのにはまっています。 自炊のメリットとしては、以下の項目があげられるでしょう。 １．緑黄色野菜などを多めに摂取することで健康に配慮できる ２．自分の好きなものを食べられる ３．外食より安い デメリットとし…

アメリエフは、新卒および経験者を募集しています。 今後の、アメリエフを創りあげていく社員として、下記のような人材像を求めています。 １．バイオインフォマティクスにチャレンジしたい人 ２．休日や余暇の時間に自己研鑽に取り組むことができる人 ３．…

tokunagaです。 明日はいよいよバイオインフォマティクス・スクールの7月期がスタートいたします。 お申込みいただきました受講者の方々へこの場を借りて深く御礼を申し上げます。 この講義を通しまして、実際の解析で「つかえる技術」を身につけていただけ…

akbです。 今日は気になるニュースのご紹介です。 「メロンのゲノム解読」 メロンの全遺伝情報（ゲノム）を解読したと、スペイン農業ゲノミクス研究センターなどの欧米チームが11日までに米科学アカデミー紀要電子版に発表した。 「バナナ原種のゲノム解読」…

こんにちは、hatです。 趣味で1年ほど前から三味線教室に通っています。 先日お稽古をしていて、楽器の演奏はシーケンシングに通じるものがあるなあと思いました。 シーケンサーが塩基を読んで結果データを出すように、私は楽譜を読んでメロディーを出してい…

こんにちは。detです。 今日は前回のQCの道 その５の続きです。 FASTX-Toolkitの使い方について、引き続き紹介いたします。 ・fastx_quality_stats FASTA/Q ファイルのリードに含まれる塩基のポジション毎の統計量を算出し、表形式で出力してくれます。FASTA…

tokunagaです。 本日も、変異を検出した後のアノーテーションに役立つサイトのご紹介をしたいと思います。 前回の記事(MutationaTaster)はこちらです。 【Likelihood Ratio Test Query:LRT】 http://www.genetics.wustl.edu/jflab/lrt_query.html コドンの保…

こんにちは、detです。 FASTX-Toolkitの連載は一回休憩を頂きまして、 気分転換のお話をさせて頂けたらと思います。 皆様の中には、お仕事や研究で忙しい日々を送られている方も 多いかと思いますが、お休みは取られていますでしょうか。 やはり、日々集中し…

レバレッジ・リーディング 本田 直之 akbです。 本日は最近読んだ書籍のご紹介です。 著者である本田直之さんは、複数の企業の取締役を務めながら、年間400冊以上の本を読まれています。 本書には、『なぜ"速読"ではなく"多読"なのか』『なぜ多忙でありなが…

hatです。 次世代シーケンシングデータのQCツールとして、一番使われているのがFastQCだと思います。 FastQCは非常に高機能なツールなのですが、「ポジションごとのクオリティスコア分布図」で、ポジション10bp以降の領域がグループ化されてしまうのだけが残…

tokunagaです。 本日は、変異を検出した後のアノーテーションに役立つサイトのご紹介をしたいと思います。 【MutationTaster】 http://www.mutationtaster.org/ ・論文 http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n8/abs/nmeth0810-575.html 配列上の変異が疾…

こんにちは。detです。 今日は前回のQCの道 その４の続きです。 FASTX-Toolkitが持つ機能について、引き続き紹介いたします。 ・fastx_artifacts_filter FASTA/Q の各リードにおいて、塩基が特定の種類に偏っている場合にそのリードを除去してくれます。他の…

akbです。 私は学生時代、ウナギを研究対象にしていました。 ウナギは日本人の食生活に欠かせない魚類ですが、 その生態は、謎ばかりです。 2009年に初めてウナギの卵が発見されました。 発見場所は、なんと日本から2000kmも離れた「西マリアナ海嶺」の南端…

こんにちは、hatです。 道端で短冊をぶら下げた笹を見かけて、もうすぐ七夕なんだなあと思いました。 今年の七夕は晴れて、織姫と彦星が会えるといいですね。 さて、そんな七夕の7月7日に、 第14回バイオインフォマティクス勉強会「Exomeデータ解析入門」 を…

tokunagaです。 本日は書籍をご紹介したいと思います。 「1億売るオンナの８つの習慣」 太田彩子 この本は女性の営業職の方の書かれた本です。 単なる営業のノウハウだけでなく、女性の性質、強みを活かした具体的なアドバイスもあり、とてもわかりやすいと…

こんにちは。detです。 今日は前回のQCの道 その３の続きです。 FASTX-Toolkitが持つ機能について、引き続き紹介いたします。 ・fastq_quality_trimmer FASTQ ファイルの各リードの 3'側から、指定したクオリティ値(qv)未満の塩基を順番に削除していきます。…

tokunagaです。 バイオインフォマティクススクールの４月期が先週土曜日に終了いたしました。 参加者の皆様、４月からの３か月間（計６回）お疲れ様でした。 最初はLinux操作の基礎の基礎から、最終日には実際の解析で使用出来るツールを使った応用まで幅広…

以前アナウンスしたバイオインフォマティクス・スクールのCMが完成しました。 アメリエフ バイオインフォマティクス・スクールCM（30秒） View more videos from Amelieff 弊社スクールの雰囲気が伝われば幸いです。 7月開講の「Linux基礎（全6回）」が現在…

akbです。 ライフサイエンスのwebサイトを1つご紹介致します。 ライフサイエンス新着論文レビュー FIRST AUTHOR'S ”新着論文レビューとは”サイトでも詳しくご説明されていますが、 Nature，Science，Cell などに代表されるトップジャーナルに掲載された日本…

こんにちは。detです。 今日は前回のQCの道 その２の続きです。 FASTX-Toolkitが持つ機能について、引き続き紹介いたします。 ・fastx_trimmer FASTA/FASTQ ファイルの各リードの先頭から、指定した塩基数を削除して出力することができます。全てのリードの…

バイオインフォマティクス勉強会のお知らせです。 7月7日(土)に第14回バイオインフォマティクス勉強会 「Exomeデータ解析入門」を開催します。 3月の勉強会ではがんゲノムに焦点をしぼりましたが、今回はメンデル遺伝病の疾患関連遺伝子探索を目的としたExom…

tokunagaです。 今日はyahooニュースで気になる記事を見つけたのでのご紹介したいと思います。 生物研など、「免疫不全ブタ」開発で臓器再生などに用いるヒト化ブタに進展 マウスでは免疫関連遺伝子をKOして作成された「免疫不全マウス」がヒトの疾患モデル…

弊社バイオインフォマティクス・スクールの雰囲気をたくさんの方にお伝えしたく、イメージビデオを撮影しました。 監督・撮影・編集は不肖hatが担当させていただきました。 講師である社長の山口が「Linuxの基礎の基礎からNGS解析の導入部分まで」をわかりや…

akbです。 遺伝統計解析を勉強中です。 大量の情報が得られるようになったゲノム研究の分野において、遺伝統計学の有効的な活用は必要不可欠です。 なぜなら、大量の情報の中には求めるデータだけでなく、偽のデータも多く含まれているからです。 現在、使わ…

こんにちは。detです。 今日は前回のQCの道 その１の続きです。 まずは、FASTX-Toolkitが持つ各機能について順番に説明して行きたいと考えています。 １．インストール方法 上記のFASTX_Toolkitのウェブサイトからダウンロードページに飛ぶと、一番上に、コ…

tokunagaです。 本日は最近読んだ書籍の紹介したいと思います。 ファーストヴィレッジ株式会社の市村洋文さんが書かれた本です。 「昼メシは座って食べるな！」 内容は、著者が日本一厳しい会社と呼ばれていた野村証券に営業マンとして勤めていた頃の仕事の…

BWAの最新バージョンはv0.6.1ですが（2012年6月現在）、まだv0.5.x系をお使いの方も多いのではないでしょうか。 BWA v0.5.x系とv0.6.x系で何が違うかまとめてみました。 ■BWA v0.6.xの変更点 ・4GB以上のゲノムに対応 ・ForwardとReverseのインデックスを統…

tokunagaです。 たまには会社のことも書いてみようと思います。 サーバーの熱が最近すごいです。 人が増えたためPCやLinuxサーバーの数も増えましたので、 朝来た時、何とも言えないもわ〜っとした空気に襲われます。 今はまだ大丈夫ですが、夏本番になった…