tokunagaです。
本日も、変異を検出した後のアノーテーションに役立つサイトのご紹介をしたいと思います。
前回の記事(MutationaTaster)はこちらです。
【Likelihood Ratio Test Query:LRT】
http://www.genetics.wustl.edu/jflab/lrt_query.html
コドンの保存性から、変異の影響の度合を尤度比検定で計算してくれます。
下記の情報を入力すると、結果が表で出力されます。
・染色体番号
・変異の入ったポジション
・変異の入った塩基
(例)chr1:1377627:G/A
またファイルをアップロードすることも出来るようです。
LRT_PとLRT_Predictionで変異の影響の度合を示します。LRT_PredictionがDだと変異が有害であるということを示します。
その他に変化したコドンやアミノ酸などの情報も表に出力されます。
前回のMutationaTasterと同じく、LJB(dbNSFP)などのデータベースや、Annovarなどのアノーテーションツールにも使用されているデータベースです。
